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- PDB-1hno: CRYSTAL STRUCTURE OF PEROXISOMAL DELTA3-DELTA2-ENOYL-COA ISOMERAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hno
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PEROXISOMAL DELTA3-DELTA2-ENOYL-COA ISOMERASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
キーワードISOMERASE / alpha/beta / unliganded
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase.
著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of Peroxisomal Delta3-Delta2-enoyl-CoA Isomerase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M. / Modis, Y. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2000年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8433
ポリマ－31,7181
非ポリマー1242
水3,171176
1
A: D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,05518
ポリマ－190,3106
非ポリマー74512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
2
A: D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
ヘテロ分子

A: D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
ヘテロ分子

A: D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5289
ポリマ－95,1553
非ポリマー3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.010, 116.010, 122.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

21A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 D3,D2-ENOYL COA ISOMERASE ECI1


分子量: 31718.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MES, ammonium sulfate, 1,4-dioxane, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MMES11
25 %(w/v)1,4-dioxane11
31.4 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.909 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月28日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 17313 / Num. obs: 17313 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 44.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1669 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 98.8 % / Num. unique obs: 1669

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: enoyl-CoA isomerase liganded with perrhenate

解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 874 random
Rwork0.201 --
all0.201 17271 -
obs0.201 17271 -
原子変位パラメータBiso mean: 49.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 8 176 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.053
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.614 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.223 109
Rwork0.157 -
obs-1996
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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