+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hn4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PROPHOSPHOLIPASE A2 DIMER COMPLEXED WITH MJ33, SULFATE, AND CALCIUM | ||||||
![]() | PROPHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Enzyme / Carboxylic Ester Hydrolase / Dimer / Sulfate Binding / Inhibitor Binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding ...positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Epstein, T.M. / Pan, Y.H. / Jain, M.K. / Bahnson, B.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The basis for k(cat) impairment in prophospholipase A(2) from the anion-assisted dimer structure. 著者: Epstein, T.M. / Yu, B.Z. / Pan, Y.H. / Tutton, S.P. / Maliwal, B.P. / Jain, M.K. / Bahnson, B.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 53.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 663.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 672.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p2pS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14768.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MJI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic Multilayer Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 32685 / Num. obs: 32685 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 40.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.56 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.03 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Code 1P2P Phospholipase A2 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.1 |