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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hm9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF S.PNEUMONIAE N-ACETYLGLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE URIDYLTRANSFERASE, GLMU, BOUND TO ACETYL COENZYME A AND UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE | ||||||
要素 | UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE URIDYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / BIFUNCTIONAL / DRUG DESIGN / PYROPHOSPHORYLASE / Rossmann-like fold / left-handed-beta-helix / trimer / domain-interchange | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell morphogenesis / cell wall organization / regulation of cell shape ...glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell morphogenesis / cell wall organization / regulation of cell shape / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Sulzenbacher, G. / Gal, L. / Peneff, C. / Fassy, F. / Bourne, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase bound to acetyl-coenzyme A reveals a novel active site architecture. 著者: Sulzenbacher, G. / Gal, L. / Peneff, C. / Fassy, F. / Bourne, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hm9.cif.gz | 216 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hm9.ent.gz | 168.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/1hm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/1hm9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50539.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: GLMU / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q97R46, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18 % PEG 400 (w/w), 300 mM CaCl2 50 mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 84013 / Num. obs: 82248 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 18.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5926 / % possible all: 96.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 187478 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HM8 解像度: 1.75→29.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3784263.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.86 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.14 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.312 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.276 |