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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hl8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOTOGA MARITIMA ALPHA-FUCOSIDASE | ||||||
要素 | PUTATIVE ALPHA-L-FUCOSIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / ALPHA-L-FUCOSIDASE / THERMOSTABLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sulzenbacher, G. / Bignon, C. / Bourne, Y. / Henrissat, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Thermotoga Maritima Alpha-L-Fucosidase. Insights Into the Catalytic Mechanism and the Molecular Basis for Fucosidosis. 著者: Sulzenbacher, G. / Bignon, C. / Nishimura, T. / Tarling, C.A. / Withers, S.G. / Henrissat, B. / Bourne, Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hl8.cif.gz | 181.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hl8.ent.gz | 152.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hl8_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hl8_full_validation.pdf.gz | 456 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hl8_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hl8_validation.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.68906, -0.72382, -0.03587), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52315.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ORF TM0306 由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WYE2, alpha-L-fucosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ALPHA-L-FUCOSIDASE BELONGS TO GLYCOSYL HYDROLASASE FAMILY 29. THE ENZYME PERFORMS CATALYSIS WITH ...ALPHA-L-FUCOSIDASE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD, BUT REFINED AGAINST NATIVE DATA ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 18 % PEG600, 5 % JEFFAMINE, M-600 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, PROTEIN CONC. 5 MG/ML | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→37.3 Å / Num. obs: 36833 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 37 Å / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Num. measured all: 212598 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→37.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.298 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.525 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS RESIDUES SER 14 A, ARG 16 A, LYS 138 A, ARG 378 A, SER 14 B AND ARG 16 A ARE PRESENT IN DOUBLE DOUBLE CONFORMATION
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.27 Å
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拘束条件 |
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