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- PDB-1hl5: The Structure of Holo Type Human Cu, Zn Superoxide Dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hl5
タイトルThe Structure of Holo Type Human Cu, Zn Superoxide Dismutase
要素SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT / METAL-BINDING / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / neuronal action potential / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / thymus development / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / small GTPase binding / mitochondrial intermembrane space / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / gene expression / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Strange, R.W. / Antonyuk, S. / Hough, M.A. / Doucette, P. / Rodriguez, J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Structure of Holo and Metal-Deficient Wild-Type Human Cu, Zn Superoxide Dismutase and its Relevance to Familial Amyotrophic Lateral Sclerosis
著者: Strange, R.W. / Antonyuk, S. / Hough, M.A. / Doucette, P. / Rodriguez, J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2003年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "PA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
C: SUPEROXIDE DISMUTASE
D: SUPEROXIDE DISMUTASE
E: SUPEROXIDE DISMUTASE
F: SUPEROXIDE DISMUTASE
G: SUPEROXIDE DISMUTASE
H: SUPEROXIDE DISMUTASE
I: SUPEROXIDE DISMUTASE
J: SUPEROXIDE DISMUTASE
K: SUPEROXIDE DISMUTASE
L: SUPEROXIDE DISMUTASE
M: SUPEROXIDE DISMUTASE
N: SUPEROXIDE DISMUTASE
O: SUPEROXIDE DISMUTASE
P: SUPEROXIDE DISMUTASE
Q: SUPEROXIDE DISMUTASE
S: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,33857
ポリマ－284,89618
非ポリマー2,44139
水31,7601763
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
H: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
I: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: SUPEROXIDE DISMUTASE
J: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9537
ポリマ－31,6552
非ポリマー2985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: SUPEROXIDE DISMUTASE
K: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9537
ポリマ－31,6552
非ポリマー2985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: SUPEROXIDE DISMUTASE
L: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: SUPEROXIDE DISMUTASE
M: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: SUPEROXIDE DISMUTASE
N: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
O: SUPEROXIDE DISMUTASE
Q: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9537
ポリマ－31,6552
非ポリマー2985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
P: SUPEROXIDE DISMUTASE
S: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9136
ポリマ－31,6552
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.871, 172.380, 112.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.89505, -0.36885, 0.25068), (-0.37224, -0.92745, -0.03559), (0.24562, -0.06146, -0.96742)3.40235, 183.62323, 171.6217
2given(-0.98635, 0.05753, -0.15428), (-0.05773, -0.99833, -0.00323), (-0.15421, 0.00572, 0.98802)41.97392, 173.66074, 59.29191
3given(-0.91513, 0.38902, 0.10583), (0.39231, 0.91976, 0.01151), (-0.09286, 0.05205, -0.99432)4.91064, 4.10431, 115.60555
4given(0.95645, -0.19412, -0.218), (-0.08473, 0.53005, -0.84372), (0.27934, 0.82545, 0.49052)23.65226, 71.57378, -10.01044
5given(0.95793, -0.19004, 0.21505), (-0.2808, -0.46595, 0.83907), (-0.05925, -0.86416, -0.49971)8.83297, 110.49805, 183.51767
6given(-0.92535, 0.22451, -0.30548), (0.14633, -0.53182, -0.83412), (-0.34972, -0.81656, 0.45927)46.64627, 204.50653, 120.70108
7given(-0.96417, 0.22778, 0.13596), (0.22847, 0.45263, 0.86193), (0.13479, 0.86212, -0.48845)8.10633, -27.88937, 56.90441
8given(0.91156, -0.35664, -0.20462), (-0.35, -0.41187, -0.84135), (0.21578, 0.83855, -0.50026)53.72966, 211.35992, -2.85196
9given(0.99901, 0.02903, -0.03362), (0.01569, 0.47748, 0.8785), (0.04156, -0.87816, 0.47656)-13.08864, -33.34248, 175.54706
10given(0.97731, -0.03952, 0.20808), (0.16311, -0.48622, -0.85848), (0.1351, 0.87294, -0.46874)22.31427, 242.66022, 31.64304
11given(0.86263, 0.3685, 0.34653), (-0.48713, 0.42062, 0.76536), (0.13628, -0.82903, 0.54235)-44.52737, -52.29001, 133.84116
12given(-0.93287, 0.36018, 0.00567), (0.19142, 0.50897, -0.83923), (-0.30516, -0.78181, -0.54374)1.61367, 66.00793, 231.29517
13given(-0.98311, -0.02485, 0.1813), (0.16356, -0.56366, 0.80965), (0.08207, 0.82563, 0.55821)43.37927, 111.04368, -56.49068
14given(-0.91563, -0.36509, -0.16829), (0.05455, -0.52758, 0.84775), (-0.39829, 0.76705, 0.50299)137.16948, 60.4001, -44.98087
15given(-0.95028, 0.00651, -0.31132), (0.25745, 0.57881, -0.77376), (0.17515, -0.81544, -0.55171)107.0605, 86.02035, 243.4888
16given(0.53987, 0.66128, 0.52081), (-0.54485, -0.19709, 0.81504), (0.64162, -0.72378, 0.25389)-87.03172, 116.2868, 146.14423
17given(0.84456, 0.48097, 0.23536), (0.2841, -0.02992, -0.95833), (-0.45388, 0.87623, -0.16191)-70.59261, 101.88297, 1.33548

-
要素

#1: タンパク質
SUPEROXIDE DISMUTASE


分子量: 15827.561 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): EG118 / Variant (発現宿主): YEP351 / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2 M CA ACETATE, 15% PEG 3350, 0.1 M TRIS PH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
27.5 %(w/v)PEG33501drop
3100 mMcalcium acetate1drop
450 mMTris1droppH8.0
515 %PEG33501reservoir
6200 mMcalcium acetate1reservoir
7100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 265996 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / Num. measured all: 904897
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / % possible obs: 96.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SOS

1sos


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.732 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: DISORDERED REGIONS IN MONOMERS O AND G WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 13373 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 252571 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19783 0 39 1763 21585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02120321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.94527413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.67932736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.312153480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.23024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.39366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.52918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.565
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.410.3121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2820.562
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8351.513410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.537221294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55836911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2764.56119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.288 969
Rwork0.248 17869
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39390.3695-0.39141.7203-0.63192.45010.01550.01760.03290.0771-0.0672-0.04790.1542-0.06810.05170.2738-0.02970.02310.32680.02350.228541.99992.74577.501
20.43640.2720.46861.03340.74951.94860.01650.0149-0.0093-0.05390.02350.0374-0.0721-0.1209-0.040.2560.00480.00160.30250.02440.27841.82380.86918.236
30.34640.12930.14640.86790.35821.7061-0.0020.038-0.0468-0.03010.0157-0.05580.04730.1287-0.01380.25720.01150.00360.3237-0.00350.266740.20279.90821.039
40.4916-0.0501-0.59550.8767-0.45872.61840.05090.06620.1022-0.1570.0401-0.10.0299-0.1038-0.0910.2818-0.02060.04510.32930.03210.24943.06393.67474.837
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71.11281.77350.81284.40670.89561.2002-0.2732-0.34410.6269-0.3784-0.27460.9741-0.3241-0.18490.54780.28540.0851-0.15760.2483-0.23250.622214.364148.39761.398
80.0761-1.0256-0.14236.0838-0.33850.87520.07460.0198-0.2476-0.27590.15270.83590.1165-0.0899-0.22730.2499-0.0187-0.07780.20390.02950.487840.118111.631105.02
94.2152-0.99060.01571.8234-1.55664.1287-0.2512-0.7339-0.19080.26980.222-0.0985-0.713-0.24690.02910.47540.05640.03420.39280.07220.174257.929121.21122.961
106.0487-1.6345-0.96486.47382.966111.4578-0.3925-1.36730.5828-0.4773-0.10790.4313-1.246-1.76860.50050.78060.8109-0.16031.2086-0.28140.06938.432139.66330.592
111.3408-2.43080.38646.2236-1.40061.1933-0.08520.0309-0.33180.1640.25460.5813-0.0673-0.076-0.16940.21630.01420.0220.25770.02370.348334.502138.856106.597
120.71270.5072-0.73181.3878-0.96282.1333-0.16790.0920.0556-0.20560.1427-0.00940.3755-0.19830.02530.3363-0.07570.02720.31160.01030.22836.31479.513101.464
130.55410.32170.12611.16160.51211.19830.0836-0.0690.010.0553-0.04860.0149-0.1109-0.0794-0.0350.2748-0.00760.03760.29880.00430.28174.35793.98242.817
140.640.22510.32161.12540.68162.08040.0013-0.01960.06830.0852-0.00390.00470.02690.02910.00260.24290.00040.00450.3125-0.00520.264643.0193.53645.222
150.49750.2732-0.35891.2445-0.43341.5452-0.01060.0381-0.0258-0.00290.1030.01640.0964-0.1063-0.09250.2647-0.0088-0.01440.29870.02710.2771-2.39680.07798.542
160.72980.84050.02572.56330.69370.6707-0.08120.03710.0803-0.29010.0942-0.0203-0.06790.049-0.0130.2947-0.0273-0.02250.2789-0.020.290852.96148.04662.403
170.5893-0.2782-0.15413.23590.36450.78570.00380.0075-0.00580.2012-0.0117-0.12680.02390.02240.00790.27640.0229-0.02360.2448-0.02130.306-4.237139.647110.609
181.93431.57710.51563.57190.38221.667-0.0159-0.36210.2038-0.1528-0.19640.29270.0223-0.16730.21220.2026-0.00360.0290.3138-0.0780.29489.336120.97659.72
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 153
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8O1 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9S1 - 153
10X-RAY DIFFRACTION10P1 - 153
11X-RAY DIFFRACTION11Q1 - 153
12X-RAY DIFFRACTION12H1 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13I1 - 153
14X-RAY DIFFRACTION14J1 - 153
15X-RAY DIFFRACTION15K1 - 153
16X-RAY DIFFRACTION16L2 - 153
17X-RAY DIFFRACTION17M2 - 153
18X-RAY DIFFRACTION18N1 - 153
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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