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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hku | ||||||
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タイトル | CtBP/BARS: a dual-function protein involved in transcription corepression and Golgi membrane fission | ||||||
要素 | C-TERMINAL BINDING PROTEIN 3 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION CO-REPRESSOR / TRANSCRIPTION CO-REPRESSION / ACYLTRANSFERASE / BREFELDIN A / NAD / GOLGI MEMBRANE / ACYL-COA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SUMOylation of transcription cofactors / Repression of WNT target genes / presynapse to nucleus signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / acyltransferase activity ...SUMOylation of transcription cofactors / Repression of WNT target genes / presynapse to nucleus signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / acyltransferase activity / synaptic vesicle endocytosis / white fat cell differentiation / GABA-ergic synapse / transcription repressor complex / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / PDZ domain binding / transcription corepressor activity / NAD binding / presynapse / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / membrane fusion / regulation of cell cycle / neuron projection / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Nardini, M. / Spano, S. / Cericola, C. / Pesce, A. / Massaro, A. / Millo, E. / Luini, A. / Corda, D. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Ctbp/Bars: A Dual-Function Protein Involved in Transcription Co-Repression and Golgi Membrane Fission 著者: Nardini, M. / Spano, S. / Cericola, C. / Pesce, A. / Massaro, A. / Millo, E. / Luini, A. / Corda, D. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Brefeldin A-Adp Ribosylated Substrate (Bars) 著者: Nardini, M. / Spano, S. / Cericola, C. / Pesce, A. / Damonte, G. / Luini, A. / Corda, D. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hku.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hku.ent.gz | 61.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hku | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39525.133 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PET11D-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z2F5 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | POSSIBLLY NVOLVED IN CONTROLLIN | 配列の詳細 | HIS-TAG (MGHHHHHH), TRUNCATION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM FORMATE, 100 MM HEPES, PH 7.5. | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 17070 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: NO DENSITY FOR THE HIS-TAG (MGHHHHHH), AND FOR RESIDUES MET A1-HIS A14 AND THR A346-HIS A350. ATOM OXT OF LEU A345 WAS INTENTIONALLY CONVERTED TO ATOM N OF THR A347 IN ORDER TO COMPLY WITH ...詳細: NO DENSITY FOR THE HIS-TAG (MGHHHHHH), AND FOR RESIDUES MET A1-HIS A14 AND THR A346-HIS A350. ATOM OXT OF LEU A345 WAS INTENTIONALLY CONVERTED TO ATOM N OF THR A347 IN ORDER TO COMPLY WITH THE PDB FORMAT. THIS CHANGE MAKES NO DECISION ON THE DIRECTION IN WHICH THE CHAIN BRANCHES.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.6 |