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万見
- PDB-1hdd: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGRAILED HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.8 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGRAILED HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION: A FRAMEWORK FOR UNDERSTANDING HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*G P*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C P*CP*TP*AP*A)-3')
  • PROTEIN (ENGRAILED HOMEODOMAIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / axon guidance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation polarity homeobox protein engrailed
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kissinger, C.R. / Liu, B. / Martin-Blanco, E. / Kornberg, T.B. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of an engrailed homeodomain-DNA complex at 2.8 A resolution: a framework for understanding homeodomain-DNA interactions.
著者: Kissinger, C.R. / Liu, B.S. / Martin-Blanco, E. / Kornberg, T.B. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Engrailed Homeodomain and of an Engrailed Homeodomain Complex
著者: Liu, B. / Kissinger, C.R. / Pabo, C.O. / Martin-Blanco, E. / Kornberg, T.B.
履歴
登録1991年9月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C P*CP*TP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*G P*CP*AP*AP*A)-3')
C: PROTEIN (ENGRAILED HOMEODOMAIN)
D: PROTEIN (ENGRAILED HOMEODOMAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8214
ポリマ－27,8214
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.200, 45.500, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C P*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6387.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*G P*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 6494.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 PROTEIN (ENGRAILED HOMEODOMAIN)


分子量: 7469.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02836

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
3NH4OH11
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 9 / PH range high: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
230 mMBis-Tris-HCl12
1DNA1double
3homeodomain11
4ammonium hydroxide11

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データ収集

検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 9072
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 21130 / Rmerge(I) obs: 0.0426

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→10.001 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.225 -
obs0.225 9072
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 855 0 0 1817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.59
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.59
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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