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万見
- PDB-1yfg: YEAST INITIATOR TRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfg
タイトルYEAST INITIATOR TRNA
要素YEAST INITIATOR TRNA
キーワードT-RNA / AMINO ACID TRANSPORT / TRANSFER RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Basavappa, R. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1991
タイトル: The 3 A crystal structure of yeast initiator tRNA: functional implications in initiator/elongator discrimination.
著者: Basavappa, R. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of a Eukaryotic Initiator tRNA
著者: Schevitz, R.W. / Podjarny, A.D. / Krishnamachari, N. / Hughes, J.J. / Sigler, P.B. / Sussman, J.L.
履歴
登録1997年5月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE MOST OF THE MODEL IS CLEARLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. HOWEVER, PLEASE BE ...SEQUENCE MOST OF THE MODEL IS CLEARLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. HOWEVER, PLEASE BE AWARE THAT RESIDUES 29-41, COMPRISING MOST OF THE ANTICODON ARM, ARE HIGHLY DISORDERED.THE POSITIONS OF THESE RESIDUES ARE ONLY A BEST GUESS. IN PARTICULAR, THE ORIENTATION OF THE T6A MODIFICATION ON RESIDUE 37 IS VERY TENTATIVE. PLEASE USE CAUTION WHEN MAKING ANY SUPPOSITIONS BASED ON THE POSITIONS OF THESE RESIDUES. REFERENCE: IN ORDER TO ALIGN THE YEAST INITIATOR TRNA TO THE CANONICAL CLOVERLEAF NUMBERING SYSTEM, THERE IS NO RESIDUE NUMBERED "17".

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEAST INITIATOR TRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7141
ポリマ－24,7141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.720, 113.720, 136.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: RNA鎖 YEAST INITIATOR TRNA


分子量: 24713.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
解説: THE DATA QUALITY STATISTICS REPORTED ARE FOR THE COMBINED DATA SET FROM CHESS AND THE PHOTON FACTORY. THE MODEL SUBMITTED HERE IS BASED ON THE 4A STRUCTURE REPORTED IN REFERENCE 2 AND REFINED ...解説: THE DATA QUALITY STATISTICS REPORTED ARE FOR THE COMBINED DATA SET FROM CHESS AND THE PHOTON FACTORY. THE MODEL SUBMITTED HERE IS BASED ON THE 4A STRUCTURE REPORTED IN REFERENCE 2 AND REFINED AGAINST NEWLY COLLECTED DATA TO 3A.
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 301.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NH4 SULFATE11
3MG SULFATE11
4SPERMINE11
5NA CACODYLATE11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 82 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 詳細: Johnson, C.D., (1970) Nature, 226, 1246.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.9 Mammonium sulfate1drop
20.005 M1dropMgCl2
30.005 Msodium cacodylate1drop
40.002 Mspermine HCl1drop
62.3 Mammonium sulfate1reservoir
5tRNA1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12781
22781
32781
放射光源
由来サイトタイプID
シンクロトロンSSRL SSRL 1
シンクロトロンCHESS CHESS 2
シンクロトロンPhoton Factory PHOTON FACTORY 3
検出器
タイプID検出器日付
1FILM1988年1月1日
KODAK2STORAGE PHOSPHORS1988年1月1日
Y.AMEMIYA3IMAGE PLATE1988年1月1日
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
3Mx-ray3
放射波長
ID相対比
11
21
31
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 10688 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHAREモデル構築
DENMODモデル構築
NUCLIN/PROFFT精密化
修飾BY Z.OTWINOWSKI精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
NUCLIN精密化
PROFFT(MODIFIED BY Z.OTWINOWSKI)精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 4 A STRUCTURE REPORTED IN REFERENCE 2

解像度: 3→10 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 1
詳細: INDIVIDUAL ISOTROPIC TEMP. FACTOR RMS: 0.638. INDIVIDUAL ISOTROPIC TEMP. FACTOR SIGMA: 1.000. THE MODEL INITIALLY WAS REFINED AGAINST THE SSRL DATA USING NUCLIN/NUCLSQ AND THEN NUCLIN/PROFFT ...詳細: INDIVIDUAL ISOTROPIC TEMP. FACTOR RMS: 0.638. INDIVIDUAL ISOTROPIC TEMP. FACTOR SIGMA: 1.000. THE MODEL INITIALLY WAS REFINED AGAINST THE SSRL DATA USING NUCLIN/NUCLSQ AND THEN NUCLIN/PROFFT HYBRID. FACTORY DATA AS THEY BECAME AVAILABLE. REFINEMENT PERFORMED WITH REFINEMENT CONTINUED AGAINST CHESS AND CHESS+PHOTON NUCLIN/PROFFT AND THEN X-PLOR. FINAL MODEL OBTAINED WITH NUCLIN/ PROFFT.
Rfactor%反射
all0.215 -
obs-81.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1639 0 0 1639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0020.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2470.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1150.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1680.638
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 8688 / σ(F): 1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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