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- PDB-1hbs: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHEMOGLOBIN S. I. RESTRAINED LEA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hbs
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHEMOGLOBIN S. I. RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT AT 3.0-ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Padlan, E.A. / Love, W.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Refined crystal structure of deoxyhemoglobin S. I. Restrained least-squares refinement at 3.0-A resolution.
著者: Padlan, E.A. / Love, W.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Refined Crystal Structure of Deoxyhemoglobin S. II. Molecular Interactions in the Crystal
著者: Padlan, E.A. / Love, W.E.
#2: ジャーナル: Inserm Symp. / 年: 1978
タイトル: Intermolecular Interactions in Crystals of Human Deoxy Hemoglobin A, C, F and S
著者: Love, W.E. / Fitzgerald, P.M.D. / Hanson, J.C. / Royerjunior, W.E.
#3: ジャーナル: MOLECULAR STRUCTURE AND BIOLOGICAL ACTIVITY
年: 1976
タイトル: Crystal Structure of Sickle-Cell Deoxyhemoglobin
著者: Wishner, B.C. / Hanson, J.C. / Ringle, W.M. / Love, W.E.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Crystal Structure of Sickle-Cell Deoxyhemoglobin at 5 Angstroms Resolution
著者: Wishner, B.C. / Ward, K.B. / Lattman, E.E. / Love, W.E.
#5: ジャーナル: Proceedings of the First National Symposium on Sickle Cell Disease
年: 1975
タイトル: Crystals of Deoxy Sickle Cell Hemoglobin
著者: Wishner, B.C. / Love, W.E.
履歴
登録1982年6月2日処理サイト: BNL
改定 1.01982年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
E: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
F: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
G: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
H: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,97416
ポリマ－124,0428
非ポリマー4,9328
水00
1
A: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4878
ポリマ－62,0214
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
2
E: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
F: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
G: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
H: HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4878
ポリマ－62,0214
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.330, 185.660, 52.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9997, -0.0211, 0.01274), (-0.02101, -0.99975, -0.00726), (0.01289, 0.00699, -0.99989)
ベクター: -31.14513, 95.20869, 79.04881)
詳細THERE ARE TWO DEOXY HEMOGLOBIN TETRAMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A, B, C, D CONSTITUTE THE FIRST TETRAMER AND CHAINS E, F, G, H CONSTITUTE THE SECOND. THESE TETRAMERS ARE RELATED APPROXIMATELY BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SCREW AXIS PARALLEL TO THE A-AXIS OF THE CRYSTAL. APPLYING THE TRANSFORMATION GIVEN IN THE *MTRIX* RECORDS BELOW TO THE SECOND TETRAMER WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE FIRST TETRAMER.

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要素

#1: タンパク質
HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
HEMOGLOBIN S (DEOXY) (BETA CHAIN)


分子量: 15860.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
一般名: PEG6000

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 22633 / Rmerge(I) obs: 0.382

-
解析

精密化Rfactor obs: 0.254 / 最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8760 0 344 0 9104
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 17662
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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