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- PDB-1han: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BIPHENYL-CLEAVING EXTRADIOL DIOXYGENASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1han
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BIPHENYL-CLEAVING EXTRADIOL DIOXYGENASE FROM A PCB-DEGRADING PSEUDOMONAD
要素2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (OXYGENASE) / EXTRADIOL DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Han, S. / Bolin, J.T.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the biphenyl-cleaving extradiol dioxygenase from a PCB-degrading pseudomonad.
著者: Han, S. / Eltis, L.D. / Timmis, K.N. / Muchmore, S.W. / Bolin, J.T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Purification and Crystallization of 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase
著者: Eltis, L.D. / Hofmann, B. / Hecht, H.-J. / Lunsdorf, H. / Timmis, K.N.
履歴
登録1995年8月30日処理サイト: BNL
改定 1.01995年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED IN PROCHECK WITH CONFIRMATION ...HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED IN PROCHECK WITH CONFIRMATION AND MODIFICATION BY VISUAL INSPECTION.
Remark 700SHEET SHEET DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED IN PROCHECK WITH CONFIRMATION ...SHEET SHEET DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED IN PROCHECK WITH CONFIRMATION AND MODIFICATION BY VISUAL INSPECTION. SHEET_ID: N; STRANDS ARE LABELED F,G,H,E,A,D,C,B IN PUBLICATIONS. SHEET_ID: C; STRANDS ARE LABELED R,N,O,P,M,I,L,K,J,Q IN PUBLICATIONS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5634
ポリマ－32,3781
非ポリマー1863
水2,504139
1
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,50732
ポリマ－259,0218
非ポリマー1,48624
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area21590 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area79080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.580, 122.580, 111.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 2 .. 8038 THE ENZYME IS AN OCTAMER IN SOLUTION. THE DISTRIBUTED COORDINATES ARE FOR A MONOMER BELONGING TO AN OCTAMER AT FRACTIONAL COORDINATES (0.0,0.0,0.5), WHICH IS A SITE OF 422 (D4) POINT SYMMETRY. APPLY THE FOLLOWING SEVEN OPERATIONS TO ALL ATOMS IN THIS ENTRY TO GENERATE THE OTHER SUBUNITS IN THIS OCTAMER. SYMMETRY1 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 3 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 3 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 111.36000 SYMMETRY1 5 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 0.000000 0.000000 -1.000000 111.36000 SYMMETRY1 6 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 6 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 6 0.000000 0.000000 -1.000000 111.36000 SYMMETRY1 7 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 7 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 7 0.000000 0.000000 -1.000000 111.36000

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要素

#1: タンパク質 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE / BIPHENYL-2 / 3-DIOL 1 / 2-DIOXYGENASE / DHBD / BPHC


分子量: 32377.598 Da / 分子数: 1 / 変異: WILD-TYPE / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FE(II) FORM UNDER ANAEROBIC CONDITIONS
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 解説: HYPEREXPRESSED IN THE PARENT STRAIN / 遺伝子: BPHC / プラスミド: PLEBD4 / 遺伝子 (発現宿主): BPHC / 発現宿主: Burkholderia cepacia (バクテリア) / 参照: UniProt: P47228, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RESIDUE 501 IS AN ADVENTITIOUS FE ATOM PRESENT WITH PARTIAL OCCUPANCY ONLY WHEN THE CRYSTAL ...RESIDUE 501 IS AN ADVENTITIOUS FE ATOM PRESENT WITH PARTIAL OCCUPANCY ONLY WHEN THE CRYSTAL STABILIZING SOLUTION CONTAINS EXCESS FERROUS AMMONIUM SULFATE. RESIDUE 600 IS A T-BUTANOL MOLECULE ASSIGNED TO AN APPROPRIATE DENSITY FEATURE. T-BUTANOL IS INCLUDED AT BETWEEN 10-15% IN ALL CRYSTAL GROWTH AND STABILIZING SOLUTIONS. THE T-BUTANOL IS APPARENTLY ROTATIONALLY DISORDERED AND THUS THE POSITION OF THE HYDROXYL OXYGEN AND METHYL CARBONS ARE NOT WELL-DETERMINED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
解説: MWPC DATA WERE USED IN STRUCTURE DETERMINATION AND INITIAL REFINEMENT. IMAGING PLATE DATA WERE USED IN FINAL REFINEMENT. REDUNDANCY AND MERGING R STATISTICS CITED ABOVE ARE FOR IMAGING PLATE ...解説: MWPC DATA WERE USED IN STRUCTURE DETERMINATION AND INITIAL REFINEMENT. IMAGING PLATE DATA WERE USED IN FINAL REFINEMENT. REDUNDANCY AND MERGING R STATISTICS CITED ABOVE ARE FOR IMAGING PLATE DATA FROM ONE CRYSTAL.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 5-10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 %PEG40001reservoir
210-15 %t-butanol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12901
21
放射光源
ID波長
11.542
21.542
検出器
タイプID検出器日付
XUONG-HAMLIN MULTIWIRE1AREA DETECTOR1993年7月1日
RIGAKU RAXIS II2IMAGE PLATE1994年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 33261 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 4.2 %
反射
*PLUS
Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 287451 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 3303 / Num. measured obs: 13817 / Rmerge(I) obs: 0.225

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HKL(DENZO)データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→7 Å / σ(F): 1
詳細: THE SIDE CHAIN OF MET 246 IS NEAR THE ACTIVE SITE FE AND IS DISORDERED BETWEEN TWO MAJOR CONFORMERS. THE ELECTRON DENSITY MAPS SUGGEST THAT SEVERAL ADDITIONAL RESIDUES HAVE TWO OF MORE ...詳細: THE SIDE CHAIN OF MET 246 IS NEAR THE ACTIVE SITE FE AND IS DISORDERED BETWEEN TWO MAJOR CONFORMERS. THE ELECTRON DENSITY MAPS SUGGEST THAT SEVERAL ADDITIONAL RESIDUES HAVE TWO OF MORE CONFORMATIONS. IN ALL CASES ONLY ONE CONFORMATION WAS REFINED. SEVERAL SIDE CHAIN ATOMS HAVE BEEN ASSIGNED OCCUPANCIES OF 0.10 TO INDICATE THE PRESENCE OF POOR DENSITY AND UNRELIABLE COORDINATES. THESE OCCUPANCIES WERE NOT REFINED. THE OCCUPANCY OF THE FE(II) ION INCLUDED AS RESIDUE 501 WAS ASSIGNED A VALUE OF 0.5 BASED ON ITS RELATIVE ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY. THIS OCCUPANCY WAS NOT REFINED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 -5.9 %
Rwork0.162 --
obs0.162 29672 93.2 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 7 139 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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