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万見
- PDB-1h9k: Two crystal structures of the cytoplasmic molybdate-binding prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9k
タイトルTwo crystal structures of the cytoplasmic molybdate-binding protein ModG suggest a novel cooperative binding mechanism and provide insights into ligand-binding specificity. Phosphate-grown form with tungstate and phosphate bound
要素MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN
キーワードBINDING PROTEIN / MOLYBDATE HOMEOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdate ion transport
類似検索 - 分子機能
: / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TUNGSTATE(VI)ION / Potential molybdenum-pterin-binding-protein
類似検索 - 構成要素
生物種AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Delarbre, L. / Stevenson, C.E.M. / White, D.J. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N. / Lawson, D.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Two Crystal Structures of the Cytoplasmic Molybdate-Binding Protein Modg Suggest a Novel Cooperative Binding Mechanism and Provide Insights Into Ligand-Binding Specificity
著者: Delarbre, L. / Stevenson, C.E.M. / White, D.J. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N. / Lawson, D.M.
履歴
登録2001年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3415
ポリマ－14,6551
非ポリマー6864
水1,09961
1
A: MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN
ヘテロ分子

A: MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN
ヘテロ分子

A: MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,02215
ポリマ－43,9653
非ポリマー2,05712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.685, 50.685, 79.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1142-

WO4

21A-1142-

WO4

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要素

#1: タンパク質 MOLYBDENUM-BINDING-PROTEIN / MODG


分子量: 14654.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定)
株: E162 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MODG / 遺伝子 (発現宿主): MODG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q44529
#2: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION. 75% SATURATED KH2PO4 IN 100MM TRIS-HCL PH8.5 WITH 2MM NA2WO4., pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
175 %sat1reservoirKH2PO4
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
32 mM1reservoirNa2WO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.947
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44 Å / Num. obs: 10860 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 538 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-10860 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 18 61 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.5793
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.8095
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.0986
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.0678
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02130.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1340.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor46.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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