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万見
- PDB-1h9c: NMR structure of cysteinyl-phosphorylated enzyme IIB of the N,N'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9c
タイトルNMR structure of cysteinyl-phosphorylated enzyme IIB of the N,N'-diacetylchitobiose specific phosphoenolpyruvate-dependent phosphotransferase system of Escherichia coli.
要素PTS SYSTEM, CHITOBIOSE-SPECIFIC IIB COMPONENT
キーワードTRANSFERASE / ENZYME IIB-CHITOBIOSE / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / SUGAR TRANSPORT / PHOSPHORYLATION / IIB- CELLOBIOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase / protein-phosphocysteine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase system transporter activity / N,N'-diacetylchitobiose import / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Phosphotransferase system, EIIB component, type 3 / PTS_EIIB type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIB component / PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIB component
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Ab, E. / Schuurman-Wolters, G.K. / Nijlant, D. / Dijkstra, K. / Saier, M.H. / Robillard, G.T. / Scheek, R.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: NMR Structure of Cysteinyl-Phosphorylated Enzyme Iib of the N,N'-Diacetylchitobiose Specific Phosphoenolpyruvate-Dependentphosphotransferase System of Escherichia Coli
著者: Ab, E. / Schuurman-Wolters, G.K. / Nijlant, D. / Dijkstra, K. / Saier, M.H. / Robillard, G.T. / Scheek, R.M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: The NMR Side-Chain Assignments and Solution Structure of Enzyme Iibcellobiose of the Phosphoenolpyruvate-Dependent Phosphotransferase System of Escherichia Coli
著者: Ab, E. / Schuurman-Wolters, G. / Reizer, J. / Saier, M.H. / Dijkstra, K. / Scheek, R.M. / Robillard, G.T.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Enzyme Iibcellobiose of the Phosphoenol-Pyruvate-Dependent Phosphotransferase System of Escherichia Coli: Backbone Assignment and Secondary Structure Determined by Three-Dimensional NMR Spectroscopy
著者: Ab, E. / Schuurman-Wolters, G.K. / Saier, M.H. / Reizer, J. / Jacuinod, M. / Roepstorff, P. / Dijkstra, K. / Scheek, R.M. / Robillard, G.T.
#3: ジャーナル: Genetics / 年: 1990
タイトル: Characterization and Nucleotide Sequence of the Cryptic Cel Operon of Escherichia Coli K12
著者: Parker, L.L. / Hall, B.G.
#4: ジャーナル: Res.Microbiol. / 年: 1990
タイトル: The Cellobiose Permease of Escherichia Coli Consists of Three Proteins and is Homologous to the Lactose Permease of Staphylococcus Aureus
著者: Reizer, J. / Reizer, A. / Saier Jr, M.H.
履歴
登録2001年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS SYSTEM, CHITOBIOSE-SPECIFIC IIB COMPONENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5191
ポリマ－11,5191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 33TARGET-FUNCTION, R-FACTOR, NUMBER OF VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PTS SYSTEM, CHITOBIOSE-SPECIFIC IIB COMPONENT / EIIB-CEL / EIIB-CHB


分子量: 11519.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYLATION AT RESIDUE CYS10 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: W3110 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CHBB [PREV CELA] / プラスミド: PJR-BLIIB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110
参照: UniProt: P17409, UniProt: P69795*PLUS, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
構成要素の詳細COMPONENT OF THE PHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT SUGAR PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM (PTS)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY

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試料調製

試料状態pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
GROMACSVAN DER SPOEL精密化
SNARF構造決定
DDD構造決定
GROMACS構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TARGET-FUNCTION, R-FACTOR, NUMBER OF VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 33 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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