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- PDB-1h8v: The X-ray Crystal Structure of the Trichoderma reesei Family 12 E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h8v
タイトルThe X-ray Crystal Structure of the Trichoderma reesei Family 12 Endoglucanase 3, Cel12A, at 1.9 A Resolution
要素ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
キーワードHYDROLASE / CELLULASE / CELLULOSE DEGRADATION / GH FAMILY 12 / GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,4-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHODERMA REESEI (菌類)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sandgren, M. / Shaw, A. / Ropp, T.H. / Wu, S. / Bott, R. / Cameron, A.D. / Stahlberg, J. / Mitchinson, C. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of the Trichoderma Reesei Family 12 Endoglucanase 3, Cel12A, at 1.9 A Resolution
著者: Sandgren, M. / Shaw, A. / Ropp, T.H. / Wu, S. / Bott, R. / Cameron, A.D. / Stahlberg, J. / Mitchinson, C. / Jones, T.A.
履歴
登録2001年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
B: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
C: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
D: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
E: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
F: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,16712
ポリマ－140,8406
非ポリマー1,3276
水21,2221178
1
A: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6952
ポリマ－23,4731
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.720, 71.580, 121.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99422, 0.01522, -0.10629), (0.01604, 0.99985, -0.00683), (0.10617, -0.0085, -0.99431)72.05952, -3.64691, 53.76633
2given(-0.99824, -0.0187, -0.05622), (-0.04465, -0.38643, 0.92124), (-0.03895, 0.92213, 0.38492)93.66165, 14.688, -2.77647
3given(0.99677, 0.02344, 0.07683), (-0.04729, -0.60189, 0.79718), (0.06493, -0.79824, -0.59883)-26.69941, 24.68633, 70.67968
4given(-0.99642, 0.04755, -0.06989), (0.03279, -0.54463, -0.83803), (-0.07791, -0.83732, 0.54113)116.01016, 67.32108, 41.98259
5given(0.99701, -0.05577, 0.05353), (0.01272, -0.56463, -0.82525), (0.07624, 0.82346, -0.56223)22.2889, 64.897, 18.86832

-
要素

#1: タンパク質
ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE / ENDOGLUCANASE / CEL12A / EG3


分子量: 23473.342 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 17-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TRICHODERMA REESEI (菌類) / 発現宿主: TRICHODERMA REESEI (菌類) / 参照: UniProt: O00095, cellulase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENDOHYDROLYSIS OF 1,4-BETA-D-GLUCOSIDIC LINKAGES IN CELLULOSE
Has protein modificationY
配列の詳細GLN 17 MODIFIED RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 20-24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
2200 mMcacodylate1reservoir
3200 mMammonium acetate1reservoir
410-30 %(w/w)mPEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: MIRRIRS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29 Å / Num. obs: 87132 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 84.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 230270
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→28.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2571 3 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 86852 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.22 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å2-1.42 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---1.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9966 0 84 1178 11228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 405 2 %
Rwork0.209 13622 -
obs--90 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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