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万見
- PDB-2jyz: CG7054 solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jyz
タイトルCG7054 solution structure
要素CG7054-PA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PEBP/RKIP / molecular modeling / chemical shift variations / titration / drosophila
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Rautureau, G. / Jouvensal, L. / Vovelle, F. / Schoentgen, F. / Locker, D. / Decoville, M. / Damblon, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: NMR structure of a phosphatidyl-ethanolamine binding protein from Drosophila
著者: Rautureau, G.J.P. / Vovelle, F. / Schoentgen, F. / Decoville, M. / Locker, D. / Damblon, C. / Jouvensal, L.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2007
タイトル: 1H, 15N and 13C resonance assignments of CG7054, a new PEBP from Drosophila melanogaster
著者: Rautureau, G. / Jouvensal, L. / Schoentgen, F. / Vovelle, F.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG7054-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8431
ポリマ－19,8431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CG7054-PA / GH14779p / PEBP


分子量: 19843.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VD02

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HNCO
1713D HCACO
1823D HNHA
1913D HBHA(CO)NH
11013D H(CCO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D HN(CA)CB
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM [U-13C; U-15N] Drosophila PEBP; 50mM potassium phosphate; 1mM DSS; 0.02% sodium azide; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5mM [U-15N] Drosophila PEBP; 50mM potassium phosphate; 1mM DSS; 0.02% sodium azide; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMDrosophila PEBP[U-13C; U-15N]1
50 mMpotassium phosphate1
1 mMDSS1
0.02 %sodium azide1
1.5 mMDrosophila PEBP[U-15N]2
50 mMpotassium phosphate2
1 mMDSS2
0.02 %sodium azide2
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA, refinement in a water shell with ARIA
NMR constraintsNOE constraints total: 2787 / NOE long range total count: 999 / NOE medium range total count: 417 / NOE sequential total count: 1371 / Hydrogen bond constraints total count: 58 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 117 / Protein psi angle constraints total count: 117
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.62 ° / Maximum upper distance constraint violation: 2.3 Å / Torsion angle constraint violation method: ARIA
NMR ensemble rmsDistance rms dev error: 0.26 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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