PDB-1h7v: Rubredoxin from Guillardia Theta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h7v

タイトル

Rubredoxin from Guillardia Theta

要素

RUBREDOXIN

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / RUBREDOXIN / GUILLARDIA THETA / ZINC- SUBSTITUTION / DIPOLAR COUPLINGS

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane catabolic process / DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / electron transfer activity / iron ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

GUILLARDIA THETA (クリプト藻（ヌクレオモルフ）)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Schweimer, K. / Hoffmann, S. / Wastl, J. / Maier, U.G. / Roesch, P. / Sticht, H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of a zinc substituted eukaryotic rubredoxin from the cryptomonad alga Guillardia theta.
著者: Schweimer, K. / Hoffmann, S. / Wastl, J. / Maier, U.G. / Rosch, P. / Sticht, H.

履歴

登録	2001年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月14日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative / Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id
改定 1.4	2018年1月17日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / struct Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _struct.title
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h7v.cif.gz	518.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h7v.ent.gz	433.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dx8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a03-d 5d0i-2 1dei-1 1dei-2 1ld6-d 1z60-d 1zue-d 2nsw-d 5jpx-d 1neg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RUBREDOXIN

ヘテロ分子

6.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	29 / 120	LEAST RESTRAINT VIOLATION, LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	RUBREDOXIN 分子量: 6717.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GUILLARDIA THETA (クリプト藻（ヌクレオモルフ）) 解説: THE RBX-GENE IS ENCODED ON THE G.THETA NUCLEOMORPH (CHROMOSOME II) Organelle: NUCLEOMORPH / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XG40
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質

RUBREDOXIN

分子量: 6717.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

GUILLARDIA THETA (クリプト藻（ヌクレオモルフ）)
解説: THE RBX-GENE IS ENCODED ON THE G.THETA NUCLEOMORPH (CHROMOSOME II)
Organelle: NUCLEOMORPH / プラスミド: PET28A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XG40

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	1H-1H NOESY
1	2	1	1H-1H TOCSY 1H-15N HSQC
1	3	1	1H-13C CT-HS 15N-EDITED NOESY(3D)
1	4	1	13C-EDITED NOESY(3D) HNCO HNCA
1	5	1	HN(CA)CB
1	6	1	CBCA(CO)NH HBHA (CO)NH
1	7	1	HNHA
1	8	1	(H)CCH-CO

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED, ZINC-SUBSTITUTED RUBREDOXIN

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試料調製

試料状態	pH: 6.4 / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
NMRView		構造決定
NDEE		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE IRON-ATOM PRESENT IN THE NATIVE RUBREDOXIN WAS REPLACE BY ZINC IN ORDER TO AVOID PARAMAGNETIC EFFECTS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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