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万見
- PDB-1h6h: Structure of the PX domain from p40phox bound to phosphatidylinos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h6h
タイトルStructure of the PX domain from p40phox bound to phosphatidylinositol 3-phosphate
要素NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4
キーワードPX DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases ...superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / RAC1 GTPase cycle / VEGFA-VEGFR2 Pathway / endosome membrane / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neutrophil cytosol factor P40 / Neutrophil cytosol factor P40, PB1 domain / Neutrophil cytosol factor 4, PX domain / Neutrophil cytosol factor P40, SH3 domain / : / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain ...Neutrophil cytosol factor P40 / Neutrophil cytosol factor P40, PB1 domain / Neutrophil cytosol factor 4, PX domain / Neutrophil cytosol factor P40, SH3 domain / : / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIB / Neutrophil cytosol factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Karathanassis, D. / Bravo, J. / Pacold, M. / Perisic, O. / Williams, R.L.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: The Crystal Structure of the Px Domain from P40Phox Bound to Phosphatidylinositol 3-Phosphate
著者: Bravo, J. / Karathanassis, D. / Pacold, C.M. / Pacold, M.E. / Ellson, C.D. / Anderson, K.E. / Butler, J.G. / Lavenir, I. / Perisic, O. / Hawkins, P.T. / Stephens, L. / Williams, R.L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution Structure of the Px Domain, a Target of the SH3 Domain
著者: Hiroaki, H. / Ago, T. / Ito, T. / Sumimoto, H. / Kohda, D.
履歴
登録2001年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9593
ポリマ－16,3131
非ポリマー6462
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.760, 33.642, 76.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4 / NCF-4 / NEUTROPHIL NADPH OXIDASE FACTOR 4 / P40-PHOX / P40PHOX


分子量: 16312.643 Da / 分子数: 1 / 断片: PX DOMAIN RESIDUES 2-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / プラスミド: PQE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q15080
#2: 化合物 ChemComp-PIB / 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE / D-MYO-PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-PHOSPHATED (+)-SN-1,2-DI-O-BUTANOYLGLYCERYL,3-O-PHOSPHO


分子量: 554.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O16P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.802 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used hair seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.9 mg/mlprotein1drop
22 mMdi-C4-PtdIns(3)P1drop
310 %PEG60001reservoir
4100 mMHEPES1reservoir
5100 mM1reservoirNaCl
615 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→56.4 Å / Num. obs: 18117 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.77 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 50.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 55546
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→30.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1091987.27 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 921 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 18117 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.4807 Å2 / ksol: 0.370188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å23.47 Å2
2---3.54 Å20 Å2
3---4.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1150 0 41 182 1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 76 4.5 %
Rwork0.237 1620 -
obs--50.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2I3P.PARI3P.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARGOL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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