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万見
- PDB-1h5y: HisF protein from Pyrobaculum aerophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5y
タイトルHisF protein from Pyrobaculum aerophilum
要素HISF
キーワードHISTIDINE BIOSYNTHESIS / TIM-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
類似検索 - 構成要素
生物種PYROBACULUM AEROPHILUM (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Banfield, M.J. / Lott, J.S. / McCarthy, A.A. / Baker, E.N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of Hisf, a Histidine Biosynthetic Protein from Pyrobaculum Aerophilum
著者: Banfield, M.J. / Lott, J.S. / Arcus, V. / Mccarthy, A.A. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structural Evidence for Evolution of the Beta/Alpha Barrel Scaffold by Gene Duplication and Fusion
著者: Lang, D. / Thoma, R. / Henn-Sax, M. / Sterner, R. / Wilmanns, M.
履歴
登録2001年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" ON SHEET RECORDS BELOW IS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISF
B: HISF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,77010
ポリマ－54,0212
非ポリマー7488
水4,846269
1
A: HISF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3855
ポリマ－27,0111
非ポリマー3744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HISF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3855
ポリマ－27,0111
非ポリマー3744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.896, 105.896, 141.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.054498, 0.998325, -0.019398), (0.997412, -0.053516, 0.048006), (0.046888, -0.021964, -0.998659)
ベクター: 46.547, -12.807, -10.882)

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要素

#1: タンパク質 HISF


分子量: 27010.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 1-3 OF THE INTACT SEQUENCE ARE NOT PRESENT IN THE EXPRESSED PROTEIN
由来: (組換発現) PYROBACULUM AEROPHILUM (古細菌) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q8ZY16*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IDENTIFIED AS AN OPEN READING FRAME FROM THE P. AEROPHILUM GENOME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 10MG/ML PROTEIN IN 50MM TRIS PH 7.5, 150MM NACL. 100MM SODIUM CITRATE (PH5.6), 0.9-1.0M AMMONIUM PHOSPHATE.
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein11
2100 mMsodium citrate12pH5.6
30.9-1.0 Mammonium dihydrogen phosphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 59658 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1THF

1thf


解像度: 2→25 Å / SU B: 3.25009 / SU ML: 0.09364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.12492
詳細: N-TERMINAL RESIDUES HIS-A2, MET-A3, SER-B1, HIS-B2, MET-3 ARE CLONING ARTEFACTS DERIVED FROM THE HIS-TAG, BUT ARE OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY. THE EXPRESSED PROTEIN COMPRISED RESIDUES ...詳細: N-TERMINAL RESIDUES HIS-A2, MET-A3, SER-B1, HIS-B2, MET-3 ARE CLONING ARTEFACTS DERIVED FROM THE HIS-TAG, BUT ARE OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY. THE EXPRESSED PROTEIN COMPRISED RESIDUES ALA-4 - ILE-253 OF THE NATIVE HISF SEQUENCE. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELLED IN ALTERNATE CONFORMATIONS: ARG-A30, ARG-A121, ASP- A222 ARG-B30, ASP-222 RESIDUES ARG-B111 AND ARG-B121 HAVE NO INTERPRETABLE SIDE-CHAIN ELECTRON DENSITY FOR THE FOLLWOING ATOMS, WHICH HAVE BEEN SET TO ZERO OCCUPANCY: ARG-B111: CG, CD, NE, CZ, NH1, NH2 ARG-B121: CD, NE, CZ, NH1, NH2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22724 3021 5.1 %RANDOM
Rwork0.20565 ---
obs0.20675 56594 98.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3745 0 44 269 4058
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.09 Å / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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