PDB-1h3z: Solution structure of a PWWP domain from Schizosaccharomyces Pombe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h3z

タイトル

Solution structure of a PWWP domain from Schizosaccharomyces Pombe

要素

HYPOTHETICAL 62.8 KDA PROTEIN C215.07C

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / PWWP / CHROMATIN / BETA-BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

NuA3 histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / chromatin remodeling / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Slater, L.M. / Allen, M.D. / Bycroft, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Variation in Pwwp Domains
著者: Slater, L.M. / Allen, M.D. / Bycroft, M.

履歴

登録	2002年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h3z.cif.gz	766 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h3z.ent.gz	641.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h3z_validation.pdf.gz	351.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h3z_full_validation.pdf.gz	564.5 KB	表示
XML形式データ	1h3z_validation.xml.gz	77.9 KB	表示
CIF形式データ	1h3z_validation.cif.gz	101.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ikg-2 6mye-d 2jik-2 5nc2-2 5fce-1 6hoi-2 2zpn-2 2ds8-d 4max-2 3kyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5902

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL 62.8 KDA PROTEIN C215.07C

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 30	NO VIOLATION GREATER THAN 0.25A AND NO VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL 62.8 KDA PROTEIN C215.07C 分子量: 12210.151 Da / 分子数: 1 / 断片: PWWP DOMAIN, RESIDUES 118-225 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PRSETA-GROEL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O94312
構成要素の詳細	THE PWWP DOMAIN IS NAMED AFTER A CONSERVED PRO-TRP-TRP-PRO MOTIF. IT IS PRESENT IN PROTEINS OF ...THE PWWP DOMAIN IS NAMED AFTER A CONSERVED PRO-TRP-TRP-PRO MOTIF. IT IS PRESENT IN PROTEINS OF NUCLEAR ORIGIN AND PLAYS A ROLE IN CEL GROWTH AND DIFFERENTIATION.

#1: タンパク質

HYPOTHETICAL 62.8 KDA PROTEIN C215.07C

分子量: 12210.151 Da / 分子数: 1 / 断片: PWWP DOMAIN, RESIDUES 118-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PRSETA-GROEL / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O94312

構成要素の詳細

THE PWWP DOMAIN IS NAMED AFTER A CONSERVED PRO-TRP-TRP-PRO MOTIF. IT IS PRESENT IN PROTEINS OF ...

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: STANDARD
NMR実験の詳細	Text: THE STRUCTURE WAS ASSIGNED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED PWWP.

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 温度: 290 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.8	BRUNGER	精密化
ANSIG	3.3		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO VIOLATION GREATER THAN 0.25A AND NO VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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