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万見
- PDB-1h2o: SOLUTION STRUCTURE OF THE MAJOR CHERRY ALLERGEN PRU AV 1 MUTANT E45W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2o
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE MAJOR CHERRY ALLERGEN PRU AV 1 MUTANT E45W
要素MAJOR ALLERGEN PRU AV 1
キーワードALLERGEN / MAJOR CHERRY ALLERGEN / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / HETERONUCLEAR NMR / PLANT DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major allergen Pru av 1
類似検索 - 構成要素
生物種PRUNUS AVIUM (セイヨウミザクラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Neudecker, P. / Lehmann, K. / Nerkamp, J. / Schweimer, K. / Sticht, H. / Boehm, M. / Scheurer, S. / Vieths, S. / Roesch, P.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Mutational Epitope Analysis of Pru Av 1 and Api G 1, the Major Allergens of Cherry (Prunus Avium) and Celery (Apium Graveolens): Correlating Ige Reactivity with Three-Dimensional Structure
著者: Neudecker, P. / Lehmann, K. / Nerkamp, J. / Haase, T. / Wangorsch, A. / Fotisch, K. / Hoffmann, S. / Roesch, P. / Vieths, S. / Scheurer, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Allergic Cross-Reactivity Made Visible: Solution Structure of the Major Cherry Allergen Pru Av 1
著者: Neudecker, P. / Schweimer, K. / Nerkamp, J. / Scheurer, S. / Vieths, S. / Sticht, H. / Roesch, P.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: Improving the Efficiency of the Gaussian Conformational Database Potential for the Refinement of Protein and Nucleic Acid Structures
著者: Neudecker, P. / Sticht, H. / Roesch, P.
#3: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Sequence-Specific 1H, 13C and 15N Resonance Assignments of the Major Cherry Allergen Pru a 1
著者: Neudecker, P. / Schweimer, K. / Nerkamp, J. / Boehm, M. / Scheurer, S. / Vieths, S. / Sticht, H. / Roesch, P.
#4: ジャーナル: Appl.Magn.Reson. / 年: 1999
タイトル: NMR Spectroscopy Reveals Common Structural Features of the Birch Pollen Allergen Bet V 1 and the Cherry Allergen Pru a 1
著者: Schweimer, K. / Sticht, H. / Nerkamp, J. / Boehm, M. / Breitenbach, M. / Vieths, S. / Roesch, P.
履歴
登録2002年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR ALLERGEN PRU AV 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6111
ポリマ－17,6111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 60LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MAJOR ALLERGEN PRU AV 1 / PRU A 1


分子量: 17610.775 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION GLU 45 TRP
由来: (組換発現) PRUNUS AVIUM (セイヨウミザクラ)
プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O24248
構成要素の詳細PLANT DEFENSE PROTEIN, MEMBER OF THE BETV1 FAMILY OF PATHOGENESIS-RELATED PROTEINS. ENGINEERED ...PLANT DEFENSE PROTEIN, MEMBER OF THE BETV1 FAMILY OF PATHOGENESIS-RELATED PROTEINS. ENGINEERED MUTATION GLU 46 TRP

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
1211H
13115N-HSQC
141HNHA
1513D-1H
16115N-TOCSY-HSQC
1713D-1H
18115N-NOESY-HSQC
1913D-1H
110115N/1H
111115N-HMQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THE CHANGES IN STRUCTURE COMPARED TO PRU AV 1 WT WERE DETERMINED USING DOUBLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELED PRU AV 1 E45W

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試料調製

詳細内容: 90% H2O / 10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH1.2.1BRUNGER, CLORE, KUSZEWSKI, SCHWIETERS, TJ精密化
NDEE構造決定
NMRView5.0.4構造決定
Xplor-NIH1.2.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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