PDB-1h29: Sulfate respiration in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough: Stru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h29

タイトル

Sulfate respiration in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough: Structure of the 16-heme Cytochrome c HmcA at 2.5 A resolution and a view of its role in transmembrane electron transfer

要素

HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / HIGH MOLECULAR MASS CYTOCHROME / SULFATE RESPIRATION / HYDROGEN CYCLE / TRANSMEMBRANE REDOX COMPLEX / ENERGY CONSERVATION / PROTON GRADIENT / TETRA-HEME / C3-LIKE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Matias, P.M. / Coelho, A.V. / Valente, F.M.A. / Placido, D. / Legall, J. / Xavier, A.V. / Pereira, I.A.C. / Carrondo, M.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Sulfate Respiration in Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough: Structure of the 16-Heme Cytochrome C Hmca at 2.5 A Resolution and a View of its Role in Transmembrane Electron Transfer
著者: Matias, P.M. / Coelho, A.V. / Valente, F.M.A. / Placido, D. / Legall, J. / Xavier, A.V. / Pereira, I.A.C. / Carrondo, M.A.

履歴

登録	2002年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年8月30日	Group: Advisory / Data collection カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _diffrn_detector.type
改定 1.4	2019年5月15日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h29.cif.gz	473 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h29.ent.gz	397.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h29_validation.pdf.gz	5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h29_full_validation.pdf.gz	5.1 MB	表示
XML形式データ	1h29_validation.xml.gz	56.4 KB	表示
CIF形式データ	1h29_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h29	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gws
類似構造データ	1gws-d 2cvc-d 6efv-d 3tdz-d 2z0l-3 2z0l-2 6klt-d 4lqq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (3)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
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#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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光化学系II (Photosystem II)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

B: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

C: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

D: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

ヘテロ分子

263 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	220.390, 220.390, 102.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C / CYTOCHROME CC3 / HMCA 分子量: 55765.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P24092
#2: 化合物	... ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FORM TRANSMEMBRANE PROTEIN COMPLEX TO AID ELECTRON FLOW TO AID ENZYMES THAT ARE INVOLVED IN THE ...FORM TRANSMEMBRANE PROTEIN COMPLEX TO AID ELECTRON FLOW TO AID ENZYMES THAT ARE INVOLVED IN THE CATALYSIS OF SULFATES. BINDS 16 MOLECULES OF HEME C PER MONOMER. COMPRISED OF ONE INCOMPLETE AND THREE COMPLETE C3-CYTOCHROME-LIKE DOMAINS.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %

結晶化

温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: EACH CRYSTALLIZATION ASSAY WAS PREPARED BY ADDING 5 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) TO A DIALYSIS BUTTON WHICH WAS THEN COMPLETELY SOAKED IN THE CRYSTALLIZATION WAS THEN COMPLETELY ...

結晶化

*PLUS

手法: microdialysis

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	40 %(v/v)	2-propanol	1	reservoir
2	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5
3	10 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9179
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 89606 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 84
反射シェル	PLUS % possible obs*: 84 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.51→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 10.051 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE COMPLET PRECURSOR SEQUENCE INCLUDING SIGNAL PEPTIDE. CHAIN A HAS MISSIN RESIDUES 32-37, 500-504 AND 544-545. CHAIN B HAS MISSING RESIDU 32-37, 500-504 AND 542- ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	4494	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.195	85075	92.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	0.79 Å²	0 Å²
2-	-	1.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15038	0	2752	497	18287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	18536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	2.399	25611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.751	5	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	8149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.515	1.5	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.97	2	15851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.647	3	8608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.385	4.5	9760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.59 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.317	446
R_work	0.226	8239

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9985	0.2852	-1.0254	2.5405	-0.4424	4.8708	0.1534	-0.4116	-0.15	0.0434	0.0586	0.1968	-0.1029	0.175	-0.2119	0.026	-0.0088	-0.0032	0.1849	-0.0265	0.0774	117.227	123.22	0.333
2	8.1072	0.5814	1.2102	2.5379	-1.0706	3.6815	0.1084	-0.3167	0.2423	-0.0124	0.0442	0.3155	-0.189	-0.3199	-0.1526	0.0546	0.0474	0.0531	0.2731	0.0994	0.2757	90.597	120.356	-0.642
3	0.9447	-1.101	0.3616	5.5014	-1.3157	0.9313	0.0806	0.1978	-0.0962	-0.1433	-0.1637	0.5715	0.1707	-0.1373	0.0832	0.092	-0.008	0.0663	0.3974	0.0264	0.3634	76.286	86.353	-5.648
4	6.9092	0.6168	-0.7168	2.6917	0.1278	4.3897	0.0438	0.3313	-0.283	-0.1631	0.141	0.1388	-0.0176	0.2398	-0.1847	0.0366	-0.0375	-0.0211	0.1135	-0.0359	0.0973	169.773	25.222	0.107
5	8.4287	1.9938	1.9537	4.1513	1.0709	3.2113	-0.3025	0.3261	0.1002	-0.2327	0.1476	0.1804	-0.2347	-0.1897	0.155	0.0572	-0.0462	-0.0201	0.1465	-0.0065	0.1546	143.419	21.021	-1.545
6	0.535	-0.6449	0.4741	4.129	-0.7882	1.2062	0.055	-0.1044	-0.0605	-0.06	-0.1025	0.4964	0.2347	-0.0603	0.0476	0.094	-0.0252	0.0438	0.2575	-0.0145	0.3516	131.13	-13.245	-7.298
7	5.6701	-0.0502	1.5666	2.5917	-0.7011	3.909	0.0063	0.1121	0.1154	0.1327	0.0729	-0.0122	0.0063	-0.0558	-0.0791	0.1846	-0.0095	0.0089	0.0432	0.021	0.0636	105.629	68.716	1.113
8	7.4596	0.852	-0.358	2.514	-1.0822	3.2942	-0.3209	0.5485	0.1649	-0.1128	-0.0139	-0.2276	0.0224	0.3926	0.3348	0.2285	-0.0527	-0.0315	0.2154	0.0846	0.1763	132.202	71.963	-0.801
9	0.7515	-0.3564	-0.1863	3.3355	1.3565	1.5669	0.0331	-0.2034	0.0097	-0.0225	-0.048	-0.2318	0.0474	-0.049	0.015	0.0089	-0.0435	-0.0237	0.3747	0.0465	0.1773	146.615	106.133	-6.851
10	7.2858	0.1004	0.6688	2.0398	0.2358	4.387	0.411	0.4443	0.2115	0.074	-0.1047	-0.0557	0.0323	-0.0425	-0.3062	0.3075	0.1513	0.0173	0.184	0.0048	0.1053	161.953	-29.15	0.112
11	5.5999	-0.115	-1.5345	2.508	0.2847	2.9273	0.1441	-0.0219	0.0828	0.1456	-0.0732	-0.0768	-0.1226	0.3005	-0.071	0.315	0.1	0.0109	0.2605	-0.0257	0.2107	188.369	-24.785	-1.484
12	0.7475	-0.6193	-0.2079	3.9337	1.6128	1.6403	0.0728	0.1139	-0.0211	-0.2157	-0.049	-0.3094	0.1132	0.249	-0.0237	0.1119	0.039	-0.0109	0.4696	-0.0099	0.2284	200.385	9.704	-6.565

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1101 - 1103
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1104 - 1107
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	261 - 543
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1108 - 1116
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	38 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1101 - 1103
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	149 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1104 - 1107
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	261 - 541
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1108 - 1116
13	X-RAY DIFFRACTION	7	C	38 - 148
14	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1101 - 1103
15	X-RAY DIFFRACTION	8	C	149 - 260
16	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1104 - 1107
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	261 - 544
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1108 - 1116
19	X-RAY DIFFRACTION	10	D	38 - 148
20	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1101 - 1103
21	X-RAY DIFFRACTION	11	D	149 - 260
22	X-RAY DIFFRACTION	11	D	1104 - 1107
23	X-RAY DIFFRACTION	12	D	261 - 542
24	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1108 - 1116

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / R_factor R_free: 0.258 / R_factor R_work: 0.192

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.55
X-RAY DIFFRACTION	r_planar_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.099

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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