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- PDB-1h16: Pyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with Pyruvate and CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h16
タイトルPyruvate Formate-Lyase (E.coli) in complex with Pyruvate and CoA
要素FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1
キーワードTRANSFERASE / LYASE / GLYCYL RADICAL ENZYME / ACYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolytic fermentation via PFL pathway / formate C-acetyltransferase / formate C-acetyltransferase activity / glucose metabolic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formate acetyltransferase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. ...Formate acetyltransferase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / L-TREITOL / PYRUVIC ACID / Formate acetyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Becker, A. / Kabsch, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: X-Ray Structure of Pyruvate Formate-Lyase in Complex with Pyruvate and Coa.How the Enzyme Uses the Cys-418 Thiyl Radical for Pyruvate Cleavage
著者: Becker, A. / Kabsch, W.
履歴
登録2002年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19616
ポリマ－85,3281
非ポリマー1,86815
水22,8251267
1
A: FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子

A: FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,39132
ポリマ－170,6562
非ポリマー3,73530
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.900, 153.050, 205.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2226-

HOH

21A-2502-

HOH

31A-2594-

HOH

41A-3228-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FORMATE ACETYLTRANSFERASE 1 / PYRUVATE FORMATE-LYASE


分子量: 85327.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEX OF PYRUVATE FORMATE-LYASE WITH ITS SUBSTRATES PYRUVATE AND COA
由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09373, formate C-acetyltransferase

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非ポリマー , 7種, 1282分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DTL / L-TREITOL / L-トレイト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細GLUCOSE NONOXIDATIVE CONVERSION METABOLISM PATHWAY. ACETYL-COA + FORMATE = COA + PYRUVATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化pH: 7.3 / 詳細: pH 7.30
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
225 mMMOPS/NaOH1droppH7.3
350 mMsodium oxamate1dropor sodium pyruvate
43 mM1dropCaA:Li3
51 mMdithiothreitol1drop
61 mMEDTA1drop
73 mM1dropNaN3
813 %(w/v)PEG5000 MME1drop
922 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
1050 mM1reservoirpH7.5kH2PO4/KOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8045
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→15 Å / Num. obs: 128878 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 28.93
反射 シェル解像度: 1.53→1.6 Å / 冗長度: 4.39 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 7.52 / % possible all: 89.8
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 1104993 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.8 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PFL

3pfl


解像度: 1.53→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 5042753.84 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: ELECTRON DENSITY NEAR PHOSPHATES OF COA WAS EXPLAINED AS MG2+ ALTHOUGH NO DIVALENT CATIONS WERE INCLUDED IN THE CRYSTALLIZATION BUFFER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 2576 2 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.145 128782 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6765 Å2 / ksol: 0.370898 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.12 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 117 1267 7372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.482.5
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 398 2 %
Rwork0.204 19479 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_1.8.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COAACO.PARCOAACO.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PYR_XPLOR+DTR+LTR+PEG1.PARPYR_XPLOR+DTR+LTR+PEG1.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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