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- PDB-1h0y: Structure of Alba: an archaeal chromatin protein modulated by ace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h0y
タイトルStructure of Alba: an archaeal chromatin protein modulated by acetylation
要素DNA BINDING PROTEIN SSO10B
キーワードDNA BINDING / ARCHAEA / CHROMATIN / ALBA / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / chromosome condensation / chromosome / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Alba / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA-binding protein Alba 1 / DNA/RNA-binding protein Alba 1
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / Bell, S.D. / Taylor, G.L. / White, M.F.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structure of Alba: An Archaeal Chromatin Protein Modulated by Acetylation
著者: Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / Bell, S.D. / Taylor, G.L. / White, M.F.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: The Interaction of Alba, a Conserved Archaeal Chromatin Protein, with Sir2 and its Regulation by Acetylation
著者: Bell, S.D. / Botting, C.H. / Wardleworth, B.N. / Jackson, S.P. / White, M.F.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of the Double-Stranded DNA Binding Protein Sso10B from Sulfolobus Solfataricus
著者: Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / White, M.F. / Taylor, G.L.
履歴
登録2002年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA BINDING PROTEIN SSO10B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0872
ポリマ－10,9911
非ポリマー961
水1086
1
A: DNA BINDING PROTEIN SSO10B
ヘテロ分子

A: DNA BINDING PROTEIN SSO10B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1744
ポリマ－21,9822
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_553x,-y+1/2,-z-7/41
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.680, 84.680, 87.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 DNA BINDING PROTEIN SSO10B / ALBA


分子量: 10990.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZF6, UniProt: P60849*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Wardleworth, B.N., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1893.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
3300 mM1dropNaCl
418 %PEG80001reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
60.2 M1reservoirCaCl2
70.1 M1,2,3-heptanetriol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 4115 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.447

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H0X

1h0x


解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 417 10 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 4114 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数690 0 5 6 701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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