PDB-1h0h: Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h0h

タイトル

Tungsten containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas

要素

(FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ...) x 2

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / TUNGSTEN SELENIUM FORMATE DEHYDROGENASE / SELENOCYSTEINE / MOLYBDOPTERIN / MGD / IRON-SULPHUR CLUSTER / PERIPLASMIC

機能・相同性

機能・相同性情報

formate dehydrogenase (cytochrome-c-553) activity / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Raaijmakers, H.C.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Gene Sequence and the 1.8 A Crystal Structure of the Tungsten-Containing Formate Dehydrogenase from Desulfovibrio Gigas
著者: Raaijmakers, H.C.A. / Macieira, S. / Dias, J. / Teixeira, S. / Bursakov, S. / Huber, R. / Moura, J. / Moura, I. / Romao, M.

履歴

登録	2002年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2019年1月23日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.3	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h0h.cif.gz	530.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h0h.ent.gz	424.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1h0h_validation.pdf.gz	723.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h0h_full_validation.pdf.gz	754.9 KB	表示
XML形式データ	1h0h_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	1h0h_validation.cif.gz	86.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h0h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2napS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sdv-d 1dzn-d 3rcn-1 1w1m-d 5g5g-d 5t9a-2 3apf-d 1w07-d 6sdr-d 5aor-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (10) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (10)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (3)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

B: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

K: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

L: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

ヘテロ分子

274 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

B: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA

L: FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.408, 110.398, 156.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	K
1	2	B
2	2	L

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ASN	ASN	A	A	3 - 66	3 - 66
2	1	1	MET	MET	ASN	ASN	K	C	3 - 66	3 - 66
1	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	68 - 96	68 - 96
2	2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	K	C	68 - 96	68 - 96
1	3	1	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	98 - 289	98 - 289
2	3	1	ARG	ARG	LYS	LYS	K	C	98 - 289	98 - 289
1	4	1	TYR	TYR	ASP	ASP	A	A	294 - 304	294 - 304
2	4	1	TYR	TYR	ASP	ASP	K	C	294 - 304	294 - 304
1	5	1	ASN	ASN	THR	THR	A	A	306 - 366	306 - 366
2	5	1	ASN	ASN	THR	THR	K	C	306 - 366	306 - 366
1	6	1	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	372 - 439	372 - 439
2	6	1	GLY	GLY	TYR	TYR	K	C	372 - 439	372 - 439
1	7	1	GLU	GLU	ASN	ASN	A	A	441 - 480	441 - 480
2	7	1	GLU	GLU	ASN	ASN	K	C	441 - 480	441 - 480
1	8	1	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	482 - 497	482 - 497
2	8	1	ALA	ALA	TRP	TRP	K	C	482 - 497	482 - 497
1	9	1	THR	THR	PHE	PHE	A	A	499 - 505	499 - 505
2	9	1	THR	THR	PHE	PHE	K	C	499 - 505	499 - 505
1	10	1	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	507 - 530	507 - 530
2	10	1	GLY	GLY	ARG	ARG	K	C	507 - 530	507 - 530
1	11	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	532 - 561	532 - 561
2	11	1	ALA	ALA	LYS	LYS	K	C	532 - 561	532 - 561
1	12	1	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	563 - 660	563 - 660
2	12	1	ILE	ILE	LEU	LEU	K	C	563 - 660	563 - 660
1	13	1	ASP	ASP	GLY	GLY	A	A	662 - 666	662 - 666
2	13	1	ASP	ASP	GLY	GLY	K	C	662 - 666	662 - 666
1	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	668 - 762	668 - 762
2	14	1	VAL	VAL	ALA	ALA	K	C	668 - 762	668 - 762
1	15	1	LYS	LYS	ASP	ASP	A	A	765 - 780	765 - 780
2	15	1	LYS	LYS	ASP	ASP	K	C	765 - 780	765 - 780
1	16	1	GLU	GLU	ARG	ARG	A	A	782 - 803	782 - 803
2	16	1	GLU	GLU	ARG	ARG	K	C	782 - 803	782 - 803
1	17	1	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	805 - 836	805 - 836
2	17	1	ASP	ASP	PHE	PHE	K	C	805 - 836	805 - 836
1	18	1	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	847 - 955	847 - 955
2	18	1	ARG	ARG	PRO	PRO	K	C	847 - 955	847 - 955
1	19	1	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	968 - 977	968 - 977
2	19	1	LYS	LYS	ALA	ALA	K	C	968 - 977	968 - 977
1	1	2	SER	SER	PHE	PHE	B	B	1 - 67	1 - 67
2	1	2	SER	SER	PHE	PHE	L	D	1 - 67	1 - 67
1	2	2	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	69 - 178	69 - 178
2	2	2	PRO	PRO	ALA	ALA	L	D	69 - 178	69 - 178
1	3	2	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	180 - 214	180 - 214
2	3	2	ILE	ILE	ALA	ALA	L	D	180 - 214	180 - 214

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ... , 2種, 4分子 AKBL

#1: タンパク質	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT ALPHA / FDH SUBUNIT ALPHA / FORMATE DEHYDROGENASE LARGE SUBUNIT 分子量: 109900.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NATIVE PROTEIN / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア) / 株: NCIB 9332 / 参照: UniProt: Q934F5, formate dehydrogenase
#2: タンパク質	FORMATE DEHYDROGENASE SUBUNIT BETA / FDH SUBUNIT BETA / FORMATE DEHYDROGENASE SMALL SUBUNIT 分子量: 23881.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア) / 株: NCIB 9332 / 参照: UniProt: Q8GC87

-
非ポリマー , 8種, 1728分子

#3: 化合物	ChemComp-W / TUNGSTEN ION 分子量: 183.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#4: 化合物	ChemComp-2MD / GUANYLATE-O'-PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,5,6,7,8A,9,10,10A-OCTAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL) ESTER / MOLYBDENUM COFACTOR,BIS (MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE) 分子量: 742.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₁₀O₁₃P₂S₂
#5: 化合物	ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE 分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₃P₂S₂
#6: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THE RESIDUES A1003 AND K1003 WERE ORIGINALLY DEPOSITED AS ISOLATED SULFUR ATOMS. AS PART OF ...THE RESIDUES A1003 AND K1003 WERE ORIGINALLY DEPOSITED AS ISOLATED SULFUR ATOMS. AS PART OF REMEDIATION, THESE HAVE HAVE BEEN CHANGED TO UNX (UNKNOWN ATOM OR LIGAND) AS THE HETEROGEN S IS NOW OBSOLETE IN THE PDB HETGROUP DICTIONARY.
配列の詳細	FORMATE DEHYDROGENASE SMALL SUBUNIT SEQUENCE IS ON HOLD, ACCESSION NUMBER P83237

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 3350 (W/V), 10% ISOPROPANOL (V/V), 1% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 4 DEGREES CELCIUS, HANGING DROPS., pH 7.50

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used macroseeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.1 M	HEPES	1	drop	pH7.5
2	20 %(w/v)	PEG3350	1	drop
3	10 %(v/v)	isopropanol	1	drop
4	1 %	beta-octylglucoside	1	drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.992,1.214,1.735,1.7415

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.992	1
2	1.214	1
3	1.735	1
4	1.7415	1

反射

解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 220129 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 1.65 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 70

反射

*PLUS

最低解像度: 35 Å / Num. obs: 10979 / Num. measured all: 208782

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
O		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
AMoRE		位相決定
ARP/wARP		位相決定
O		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NAP

2nap

解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.831 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.118
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: ATOMS WITH AN OCCUPANCY LESS THAN 1.0 (PARTIALLY) DISORDERED. RESIDUES 1-2, 837-843 AND 956-966 OF T SUBUNIT ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	10979	5 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	208782	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0.38 Å²
2-	-	1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18786	0	288	1708	20782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	19963
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.994	27119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.495	3	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.862	15	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.3	10190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.5	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.299	0.3	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.244	0.5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.97	2	11981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.502	3	19363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.336	2	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.889	3	7689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3901	tight positional	0.07	0.04
2	B	5544	tight positional	0.05	0.04
1	A	3449	medium positional	0.15	0.2
2	B	3449	medium positional	0.01	0.2
1	A	3901	tight thermal	0.8	3
2	B	5544	tight thermal	1.08	3
1	A	3449	medium thermal	1	5
2	B	3449	medium thermal	1.35	5

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.326	707
R_work	0.297	13425

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4167	0.1118	0.0169	0.2227	0.0241	0.328	-0.0143	-0.0559	0.0694	0.0493	-0.0163	0.0471	-0.0497	-0.0307	0.0306	0.0344	0.0102	0.0002	0.0131	-0.0099	0.0399	7.7183	-2.0155	64.8259
2	0.4898	-0.0925	-0.1043	0.2506	-0.0568	0.4927	-0.0041	0.0566	0.0327	-0.0546	-0.0271	-0.0418	-0.0401	0.0467	0.0312	0.0411	-0.0165	-0.0043	0.0523	-0.0018	0.047	24.7398	52.1305	13.1873
3	0.8277	-0.2438	-0.2798	0.9847	0.249	1.202	0.0066	0.1527	-0.0297	-0.1603	-0.046	0.0419	0.001	-0.1202	0.0394	0.0794	0.0005	-0.0043	0.0396	0.0025	0.003	17.8265	-3.7884	26.6974
4	0.6986	0.1497	-0.1254	1.0292	-0.1954	1.624	-0.0027	-0.0462	-0.0375	0.0886	-0.0135	0.0044	-0.0069	0.1548	0.0162	0.0396	-0.0155	-0.009	0.0292	-0.0085	0.0082	14.0597	53.0868	51.1508

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 977
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1000 - 1010
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1100
4	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1 - 977
5	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1000 - 1010
6	X-RAY DIFFRACTION	2	K	1100
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1011 - 1013
9	X-RAY DIFFRACTION	4	L	1 - 214
10	X-RAY DIFFRACTION	4	L	1011 - 1013

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 35 Å / R_factor R_free: 0.213 / R_factor R_work: 0.173

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.792

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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