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- PDB-1gzs: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE GEF DOMAIN OF THE SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE GEF DOMAIN OF THE SALMONELLA TYPHIMURIUM SOPE TOXIN AND HUMAN Cdc42
要素
  • GTP-BINDING PROTEIN
  • SOPE
キーワードTOXIN/CELL CYCLE / COMPLEX (TOXIN-CELL CYCLE PROTEIN) / SOPE / CDC42 / SALMONELLA TYPHIMURIUM / GEF / TOXIN / GTP- BINDING / LIPOPROTEIN / PRENYLATION / TOXIN-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GPVI-mediated activation cascade / EGFR downregulation / : / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / CD28 dependent Vav1 pathway / EPHB-mediated forward signaling / DCC mediated attractive signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Myogenesis / RHO GTPases activate KTN1 ...GPVI-mediated activation cascade / EGFR downregulation / : / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / CD28 dependent Vav1 pathway / EPHB-mediated forward signaling / DCC mediated attractive signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Myogenesis / RHO GTPases activate KTN1 / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases activate PAKs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases Activate Formins / MAPK6/MAPK4 signaling / G beta:gamma signalling through CDC42 / : / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / modification of synaptic structure / Cdc42 protein signal transduction / GBD domain binding / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neuron fate determination / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cardiac conduction system development / host-mediated perturbation of viral process / regulation of filopodium assembly / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / establishment of Golgi localization / GTP-dependent protein binding / adherens junction organization / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / cell projection assembly / regulation of lamellipodium assembly / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / embryonic heart tube development / RHO GTPases activate KTN1 / DCC mediated attractive signaling / regulation of postsynapse organization / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of filopodium assembly / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of mitotic nuclear division / phagocytosis, engulfment / RHOV GTPase cycle / nuclear migration / small GTPase-mediated signal transduction / Myogenesis / heart contraction / positive regulation of cytokinesis / establishment of cell polarity / establishment or maintenance of cell polarity / spindle midzone / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / microtubule organizing center / RHOU GTPase cycle / lamellipodium membrane / CDC42 GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / GPVI-mediated activation cascade / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substantia nigra development / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / GTPase activator activity / actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / EGFR downregulation / small monomeric GTPase / integrin-mediated signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor SopE, N-terminal domain / Salmonella type III secretion SopE effector N-terminus / SopE-like, GEF domain / Guanine nucleotide exchange factor SopE / Guanine nucleotide exchange factor SopE, GEF domain / SopE-like, GEF domain superfamily / SopE GEF domain / SopE-like GEF fold / Cdc42 / Small GTPase Rho ...Guanine nucleotide exchange factor SopE, N-terminal domain / Salmonella type III secretion SopE effector N-terminus / SopE-like, GEF domain / Guanine nucleotide exchange factor SopE / Guanine nucleotide exchange factor SopE, GEF domain / SopE-like, GEF domain superfamily / SopE GEF domain / SopE-like GEF fold / Cdc42 / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor SopE / Cell division control protein 42 homolog / Cell division control protein 42 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Buchwald, G. / Friebel, A. / Galan, J.E. / Hardt, W.D. / Wittinghofer, A. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for the Reversible Activation of a Rho Protein by the Bacterial Toxin Sope
著者: Buchwald, G. / Friebel, A. / Galan, J.E. / Hardt, W.D. / Wittinghofer, A. / Scheffzek, K.
履歴
登録2002年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-BINDING PROTEIN
B: SOPE
C: GTP-BINDING PROTEIN
D: SOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,53310
ポリマ－75,9574
非ポリマー5766
水2,882160
1
A: GTP-BINDING PROTEIN
B: SOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3636
ポリマ－37,9782
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: GTP-BINDING PROTEIN
D: SOPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1714
ポリマ－37,9782
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.545, 87.545, 200.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.36758, -0.26308, 0.892), (0.16837, -0.92448, -0.34204), (0.91462, 0.27591, -0.29552)
ベクター: -96.45638, 136.63788, 56.7105)

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要素

#1: タンパク質 GTP-BINDING PROTEIN / PLACENTAL ISOFORM / CDC42 G25K


分子量: 19918.832 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25763, UniProt: P60953*PLUS
#2: タンパク質 SOPE


分子量: 18059.607 Da / 分子数: 2
断片: GUANINE NUCTLEOTIDE EXCHANGE FACTOR (GEF-DOMAIN), RESIDUES 78-240
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O52623
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 1.9 M (NH4)2SO4, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 2% PEG400, 0.05 M BETAINE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
144 mg/mlprotein1drop
21.9 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
42 %PEG1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 40507 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.112
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 4737 / Rmerge(I) obs: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 5242854.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 4012 10 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 40297 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1614 Å2 / ksol: 0.381516 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å22.1 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5308 0 30 160 5498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 659 10 %
Rwork0.23 5943 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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