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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gz5 | ||||||
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タイトル | Trehalose-6-phosphate synthase. OtsA | ||||||
![]() | ALPHA-TREHALOSE-PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
![]() | SYNTHASE / TREHALOSE / GLYCOSYLTRANSFERASE / ROSSMANN-FOLD / GLUCOSE-6-PHOSPHATE / TREHALOSE-6-PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() trehalose metabolism in response to cold stress / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / response to osmotic stress / cellular response to heat / DNA damage response / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gibson, R.P. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights Into Trehalose Synthesis Provided by the Structure of the Retaining Glycosyltransferase Otsa 著者: Gibson, R.P. / Turkenburg, J.P. / Charnock, S.J. / Lloyd, R. / Davies, G.J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Characterization of Escherichia Coli Otsa, a Trehalose-6-Phosphate Synthase from Glycosyltransferase Family 20 著者: Gibson, R.P. / Lloyd, R.M. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 362.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 300.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 877.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51871.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P31677, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) #2: 化合物 | ChemComp-UDP / #3: 糖 | ChemComp-G6P / #4: 化合物 | ChemComp-IMD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % 解説: THESE STATISTICS REFLECT SEPARATE TREATMENT OF FREIDEL MATES DURING SCALING PROCEDURE. TRUE MULTIPLICITY IS THUS APPROXIMATALY TWICE THE VALUE GIVEN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 14% PEG4000, 0.15M NAAC, 0.1M IMIDAZOLE PH 7.5, 10MM MG-UDP, 10MM G6P | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9392 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 86205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: TLS REFINEMENT USED THROUGHOUT. MOLECULE C SHOWS LARGE DISORDER IN ITS N-TERMINAL DOMAIN REFLECTED IN LARGE TLS VALUES AND POOR ELECTRON DENSITY. RESIDUES ALA 208 B AND ALA 208 D COULD NOT BE ...詳細: TLS REFINEMENT USED THROUGHOUT. MOLECULE C SHOWS LARGE DISORDER IN ITS N-TERMINAL DOMAIN REFLECTED IN LARGE TLS VALUES AND POOR ELECTRON DENSITY. RESIDUES ALA 208 B AND ALA 208 D COULD NOT BE BUILT INTO THE ELECTRON DENSITY DUE TO LARGE DISORDER FOUND IN THESE LOOP REGIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→100 Å
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拘束条件 |
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