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- PDB-1gyb: N77Y point mutant of yNTF2 bound to FxFG nucleoporin repeat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyb
タイトルN77Y point mutant of yNTF2 bound to FxFG nucleoporin repeat
要素
  • NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
  • NUCLEOPORIN
キーワードNUCLEAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore central transport channel / nuclear import signal receptor activity / nucleocytoplasmic transport / small GTPase binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear transport factor 2/Mtr2 / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear transport factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bayliss, R. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for the Interaction between Ntf2 and Nucleoporin Fxfg Repeats
著者: Bayliss, R. / Leung, S. / Baker, R. / Quimby, B. / Corbett, A. / Stewart, M.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
B: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
C: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
D: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
E: NUCLEOPORIN
F: NUCLEOPORIN
G: NUCLEOPORIN
H: NUCLEOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7768
ポリマ－61,7768
非ポリマー00
水6,918384
1
A: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
B: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
E: NUCLEOPORIN
F: NUCLEOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8884
ポリマ－30,8884
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
D: NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2
G: NUCLEOPORIN
H: NUCLEOPORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8884
ポリマ－30,8884
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.840, 84.060, 61.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 / NTF-2 / NUCLEAR TRANSPORT FACTOR P10


分子量: 14512.100 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P33331
#2: タンパク質・ペプチド
NUCLEOPORIN


分子量: 931.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 100MM AMMONIUM ACETATE PH 6.5, 1.6M AMMONIUM SULPHATE
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMammonium acetate1droppH6.5
20.8 Mammonium sulfate1drop
33.5 mg/mlprotein1drop
46.25 MFF11drop
5100 mMammonium acetate1reservoirpH6.5
61.52 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→53 Å / Num. obs: 39224 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.3
反射
*PLUS
最低解像度: 53 Å / Num. measured all: 266201 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 -5 %SAME AS XXX
Rwork0.197 ---
obs0.197 39224 92.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4091 0 0 384 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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