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万見
- PDB-1gxp: PhoB effector domain in complex with pho box DNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxp
タイトルPhoB effector domain in complex with pho box DNA.
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
  • PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR / HELIX-WINGED-HELIX / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / DNA BINDING / ACTIVATOR / TWO- COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Blanco, A.G. / Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Tandem DNA Recognition by Two-Component Signal Transduction Transcriptional Activator Phob
著者: Blanco, A.G. / Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
履歴
登録2002年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
C: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
E: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
F: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
G: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6758
ポリマ－77,6758
非ポリマー00
水3,243180
1
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
C: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8374
ポリマ－38,8374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
F: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
G: 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8374
ポリマ－38,8374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.106, 74.106, 289.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / PHOB


分子量: 12358.092 Da / 分子数: 4
断片: DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOUND TO DNA, DNA CHAINS C, D, G, H / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 解説: PCR-CLONED DOMAIN FROM GENOMIC DNA / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08402, UniProt: P0AFJ5*PLUS
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP* AP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*G)-3'


分子量: 7120.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP* CP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 7000.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1reservoirpH7.0
31 M1reservoirLiCl
422 %(w/v)PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→64.6 Å / Num. obs: 29719 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 76.4
反射
*PLUS
最低解像度: 64.6 Å / Num. measured all: 94255
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 76.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.324
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2131 7.2 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.247 29662 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 1874 0 180 5416
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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