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- PDB-6u9m: MLL1 SET N3861I/Q3867L bound to inhibitor 16 (TC-5109) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9m
タイトルMLL1 SET N3861I/Q3867L bound to inhibitor 16 (TC-5109)
要素Histone-lysine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / definitive hemopoiesis / histone H3K4 methyltransferase activity ...negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / definitive hemopoiesis / histone H3K4 methyltransferase activity / anterior/posterior pattern specification / embryonic hemopoiesis / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / exploration behavior / histone methyltransferase complex / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / MLL1 complex / membrane depolarization / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of fibroblast proliferation / spleen development / homeostasis of number of cells within a tissue / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / post-embryonic development / methyltransferase activity / circadian regulation of gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / PKMTs methylate histone lysines / protein modification process / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / protein-containing complex assembly / fibroblast proliferation / methylation / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. ...KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Beta Complex / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q2M / cDNA FLJ56846, highly similar to Zinc finger protein HRX / Histone-lysine N-methyltransferase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Petrunak, E.M. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent Small-Molecule Inhibitors of MLL Methyltransferase.
著者: Chern, T.R. / Liu, L. / Petrunak, E. / Stuckey, J.A. / Wang, M. / Bernard, D. / Zhou, H. / Lee, S. / Dou, Y. / Wang, S.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase
B: Histone-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7757
ポリマ－36,4862
非ポリマー1,2885
水2,954164
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8413
ポリマ－18,2431
非ポリマー5982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9334
ポリマ－18,2431
非ポリマー6903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.810, 54.810, 105.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase


分子量: 18243.195 Da / 分子数: 2 / 変異: N3861I, Q3867L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B4DIJ7, UniProt: Q03164*PLUS, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-Q2M / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl]({1-[(thiophen-2-yl)methyl]azetidin-3-yl}methyl)amino}-5'-deoxyadenosine


分子量: 532.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32N8O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M Sodium Malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 22301 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 22301 / Rsym value: 0.687 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F5E

5f5e


解像度: 2.05→47.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1105 4.95 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 22301 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.67 Å2 / Biso mean: 35.85 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6559 Å20 Å20 Å2
2--0.6559 Å20 Å2
3----1.3118 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 94 164 2551
Biso mean--31.74 37.2 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d865SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes474HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2513HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion321SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2954SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2513HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3454HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.32
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 25 5.59 %
Rwork0.225 422 -
all0.227 447 -
obs--89.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0318-2.50641.8981-1.6291.52530.90920.0791-0.11060.19060.03050.00060.0022-0.434-0.1553-0.07960.0189-0.01940.09840.19270.04260.099330.29013.50083.8112
28.9236-2.7962.28533.4767-2.70737.70140.12930.6811-0.033-0.0533-0.09310.27260.18920.0357-0.0362-0.25470.022-0.0026-0.0216-0.0054-0.181213.4907-7.92228.7671
35.34240.4467-0.09454.8285-2.63131.09480.10470.5078-0.54430.2234-0.3786-0.36340.01970.20330.2739-0.0884-0.0147-0.00160.0598-0.01360.014227.7866-13.259315.453
412.4987-0.02661.05640.5482-1.95395.6770.05721.090.4697-0.1463-0.122-0.003-0.06010.78440.0648-0.41620.1036-0.00950.2492-0.0445-0.345125.1679-8.45122.4171
5-3.25820.7818-4.198510.01625.12650.78340.2356-0.1589-0.0314-0.1703-0.1367-0.07930.18320.2001-0.09890.21440.02510.02310.2293-0.0304-0.084518.65-25.82452.0132
63.70210.35491.81160.9114-1.760200.0448-0.1127-0.02870.0320.12880.04210.2907-0.0443-0.1736-0.03250.016-0.1050.2480.05090.07641.3407-19.0144-4.1647
77.99430.9517-2.85563.3841-2.73643.42820.0794-1.02870.0545-0.0817-0.1406-0.051-0.0360.31280.0612-0.1228-0.0173-0.01140.0914-0.0598-0.1025-5.4634-6.4606-10.4142
80.459-0.0957-1.2586-0.2635-2.21026.01030.0441-0.0106-0.1699-0.2063-0.11710.1190.0235-0.05640.07290.00120.1125-0.0102-0.17920.0644-0.0468-1.50033.0294-26.9779
98.27570.0214-0.88052.0955-1.83354.07320.2741-1.34430.45560.0052-0.2534-0.1112-0.13550.6345-0.0207-0.254-0.0601-0.00770.1603-0.0629-0.1651-1.3091-5.033-7.2631
102.7662-1.31552.257410.56987.604200.18060.00030.0036-0.1855-0.0946-0.003-0.150.1121-0.0860.0772-0.01530.00090.145-0.0611-0.1746-8.6799.9766-2.4708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3814 - A|3826 }A3814 - 3826
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|3827 - A|3847 }A3827 - 3847
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|3848 - A|3909 }A3848 - 3909
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|3910 - A|3944 }A3910 - 3944
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|3945 - A|3968 }A3945 - 3968
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|3813 - B|3828 }B3813 - 3828
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|3829 - B|3870 }B3829 - 3870
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|3871 - B|3881 }B3871 - 3881
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|3882 - B|3945 }B3882 - 3945
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|3946 - B|3968 }B3946 - 3968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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