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万見
- PDB-1gwr: HUMAN OESTROGEN RECEPTOR ALPHA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gwr
タイトルHUMAN OESTROGEN RECEPTOR ALPHA LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH 17BETA-OESTRADIOL AND TIF2 NRBOX3 PEPTIDE
要素
  • OESTROGEN RECEPTOR
  • TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSACTIVATION / AGONIST / AF2 COACTIVATOR / RECEPTOR / ACTIVATOR / TRANSCRIPTI REGULATION / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / ZINC FINGER / STER BINDING / PHOSPHORYLATION / POLYMORPHISM / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway ...regulation of epithelial cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / aryl hydrocarbon receptor binding / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / : / steroid binding / positive regulation of adipose tissue development / 14-3-3 protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / euchromatin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / : / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Interaction of Transcriptional Intermediary Factor 2 Nuclear Receptor Box Peptides with the Coactivator Binding Site of Estrogen Receptor Alpha.
著者: Warnmark, A. / Treuter, E. / Gustafsson, J.-A. / Hubbard, R.E. / Brzozowski, A.M. / Pike, A.C.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Molecular Basis of Agonism and Antagonism in the Oestrogen Receptor
著者: Brzozowski, A.M. / Pike, A.C. / Dauter, Z. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Engstrom, O. / Ohman, L. / Greene, G.L. / Gustafsson, J.A. / Carlquist, M.
履歴
登録2002年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OESTROGEN RECEPTOR
B: OESTROGEN RECEPTOR
C: TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2
D: TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7716
ポリマ－58,2274
非ポリマー5452
水81145
1
A: OESTROGEN RECEPTOR
C: TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3863
ポリマ－29,1132
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: OESTROGEN RECEPTOR
D: TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3863
ポリマ－29,1132
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.310, 90.540, 59.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7615, 0.07627, 0.64366), (0.0866, -0.99612, 0.01558), (0.64235, 0.04388, -0.76515)
ベクター: 0.14209, -0.46075, -0.70198)

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要素

#1: タンパク質 OESTROGEN RECEPTOR / ER / ESTRADIOL RECEPTOR / ER-ALPHA


分子量: 28022.037 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN RESIDUES 305-549 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGAND-BINDING DOMAIN (DOMAIN E - RESIDUES 260-500) IN COMPLEX WITH THE AGONIST 17BETA-OESTRADIOL
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEALPHA 35 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): C1857 / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR-2 / TIF2


分子量: 1091.282 Da / 分子数: 2 / 断片: NUCLEAR RECEPTOR BOX III RESIDUES 742-750 / 由来タイプ: 合成
詳細: TIF2 NR-BOX REGION 3 DERIVED PEPTIDE (RESIDUES 740-751)
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: 2-2.5% (W/V) PEG 20000 0.1M HEPES PH7.8, pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 20680 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82.9
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 134819
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 82.9 % / Num. unique obs: 915

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERE

1ere


解像度: 2.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.584 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: METHOD USED: BULK SOLVENT CONTRIBUTIONS CALCULATED BY XPLOR WERE INCORPORATE IN THE FORM OF PARTIAL STRUCTURE FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1052 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-19611 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 40 45 3973
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 123
Rwork0.28 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d0.038
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.404 Å / 最低解像度: 2.518 Å / Num. reflection Rwork: 2289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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