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万見
- PDB-1gw9: Tri-iodide derivative of Xylose Isomerase from Streptomyces Rubig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gw9
タイトルTri-iodide derivative of Xylose Isomerase from Streptomyces Rubiginosus
要素XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / PENTOSE SHUNT / XYLOSE METABOLISM / MAGNESIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / beta-L-xylopyranose / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES RUBIGINOSUS (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Evans, G. / Bricogne, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Triiodide Derivatization and Combinatorial Counter-Ion Replacement: Two Methods for Enhancing Phasing Signal Using Laboratory Cu Kalpha X-Ray Equipment
著者: Evans, G. / Bricogne, G.
履歴
登録2002年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,31534
ポリマ－43,2541
非ポリマー4,06133
水6,251347
1
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,259136
ポリマ－173,0174
非ポリマー16,243132
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.354, 98.540, 102.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2250-

HOH

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要素

#1: タンパク質 XYLOSE ISOMERASE


分子量: 43254.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES RUBIGINOSUS (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-LXC / beta-L-xylopyranose / beta-L-xylose / L-xylose / xylose / L-XYLOSE (CYCLIC FORM) / β-L-キシロピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10MM TRIS-HCL AT PH7.5 AND THEN SOAKED IN AN EQUIVALENT SOLUTION WITH 50MM KI/50MM I2 AND 1.9M L-XYLOSE ADDED AS CRYO-PROTECTANT., pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
20.9 Mammonium sulfate1drop
310 mMTris-HCl1droppH7.5
41.8 Mammonium sulfate1reservoir
510 mMTris-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: OSMIC MULTILAYER
放射モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→32.05 Å / Num. obs: 1257016 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最低解像度: 32.11 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.55→32.05 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 3400 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.165 66821 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→32.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 51 347 3419
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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