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万見
- PDB-1gv4: Murine apoptosis-inducing factor (AIF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gv4
タイトルMurine apoptosis-inducing factor (AIF)
要素PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / FAD / NUCLEAR PROTEIN / APOPTOSI
機能・相同性
機能・相同性情報


electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate ...electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / response to L-glutamate / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to nitric oxide / FAD binding / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / : / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / neuron apoptotic process / response to oxidative stress / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain ...Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mate, M.J. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of the Mouse Apoptosis-Inducing Factor Aif
著者: Mate, M.J. / Ortiz-Lombardia, M. / Alzari, P.M. / Boitel, B. / Haouz, A. / Tello, D. / Susin, S.A. / Penninger, J. / Kroemer, G. / Alzari, P.M.
履歴
登録2002年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8
B: PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7144
ポリマ－115,1432
非ポリマー1,5712
水7,927440
1
A: PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3572
ポリマ－57,5711
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3572
ポリマ－57,5711
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.270, 109.914, 114.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99998, 0.00603, -0.00151), (-0.00601, -0.99988, -0.01413), (-0.0016, -0.01412, 0.9999)
ベクター: 43.343, 142.726, 1.594)

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要素

#1: タンパク質 PROGRAMED CELL DEATH PROTEIN 8 / APOPTOSIS-INDUCING FACTOR (AIF)


分子量: 57571.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z0X1
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: PHASE COMBINATION WITH MAD PHASES
結晶化pH: 7.75
詳細: 18% PEG MONOMETHYL ETHER 5000, 100 MM MGCL2, 50 MM HEPES PH, pH 7.75
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
118 %(w/v)PEG50001reservoir
280 mM1reservoirMgCl2
350 mMHEPES1reservoirpH7.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 62596 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.6 % / Rmerge(I) obs: 0.273

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D7Y

1d7y


解像度: 2→15 Å / SU B: 5.03 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.183
詳細: DISORDERED RESIDUES WERE MODELED USING ROTAMERS DATA BASE AND HAVE OCC=0.00 IN THE PDB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25742 3577 5 %RANDOM
Rwork0.21626 ---
obs0.21836 67597 96.16 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7518 0 106 440 8064
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 71317 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.77
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor Rwork: 0.24 / Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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