[日本語] English
万見
- PDB-1guq: STRUCTURE OF NUCLEOTIDYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH UDP-GLUCOSE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1guq
タイトルSTRUCTURE OF NUCLEOTIDYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH UDP-GLUCOSE
要素GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / GALACTOSE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactokinase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / ferrous iron binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I His-active site / Galactose-1-phosphate uridyl transferase family 1 active site signature. / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I His-active site / Galactose-1-phosphate uridyl transferase family 1 active site signature. / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Galactose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Rayment, I. / Holden, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structural analysis of the H166G site-directed mutant of galactose-1-phosphate uridylyltransferase complexed with either UDP-glucose or UDP-galactose: detailed description of the ...タイトル: Structural analysis of the H166G site-directed mutant of galactose-1-phosphate uridylyltransferase complexed with either UDP-glucose or UDP-galactose: detailed description of the nucleotide sugar binding site.
著者: Thoden, J.B. / Ruzicka, F.J. / Frey, P.A. / Rayment, I. / Holden, H.M.
履歴
登録1996年10月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年5月15日Group: Non-polymer description
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
C: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,36120
ポリマ－158,4544
非ポリマー2,90716
水24,4821359
1
A: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68010
ポリマ－79,2272
非ポリマー1,4538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
2
C: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,68010
ポリマ－79,2272
非ポリマー1,4538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10520 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.400, 57.500, 188.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE


分子量: 39613.500 Da / 分子数: 4 / 変異: H166G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09148, EC: 2.7.7.10

-
非ポリマー , 5種, 1375分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %

-
データ収集

検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: MULTIWIRE AREA DETECTOR / 詳細: SUPER LONG DOUBLE-FOCUSING MIRRORS
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 126799 / % possible obs: 94 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SAINTデータ削減
XCALIBREデータスケーリング
精密化解像度: 1.8→30 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.174 -
obs-126300
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11082 0 156 1359 12597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.37
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.4
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る