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- PDB-1gu5: Crystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a DNA frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu5
タイトルCrystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a DNA fragment from the MIM-1 promoter
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*CP* AP*AP*CP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP* CP*AP*AP*TP*CP*A)-3'
  • CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / BZIP / C/EBP / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / Transcriptional Regulation by VENTX / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic placenta development / positive regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of osteoblast differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / brown fat cell differentiation / negative regulation of T cell proliferation / ovarian follicle development / response to endoplasmic reticulum stress / acute-phase response / liver regeneration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / neuron differentiation / chromatin DNA binding / kinase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / nuclear matrix / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Ogata, K.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Flexible Base Recognition by C/Ebpbeta
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sato, K. / Sasaki, M. / Ogata, K.
#1: ジャーナル: Cell (Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Mechanism of C-Myb-C/Ebpbeta Cooperation from Separated Sites on a Promoter
著者: Tahirov, T.H. / Sato, K. / Ichikawa-Iwata, E. / Sasaki, M. / Inoue-Bungo, T. / Shiina, M. / Kimura, K. / Takata, S. / Fujikawa, A. / Morii, H. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the C/Ebpbeta C-Terminal Region in Complex with DNA
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sasaki, M. / Fujikawa, A. / Kimura, K. / Sato, K. / Adachi, S. / Kamiyaogata, K.
#3: ジャーナル: Cell (Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural Analyses of DNA Recognition by the Aml1/ Runx-1 Runt Domain and its Allosteric Control by Cbfbeta
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Morii, H. / Fujikawa, A. / Sasaki, M. / Kimura, K. / Shiina, M. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analyses of Quaternary, Ternary and Binary Protein-DNA Complexes with Involvement of Aml1/Runx-1/Cbfalpha Runt Domain, Cbfbeta and the C/Ebpbeta bZIP Region
著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystals of Ternary Protein-DNA Complexes Composed of DNA-Binding Domains C-Myb or V-Myb, C/Ebpalpha or C/Ebpbeta and Tom-1A Promoter Fragment
著者: Tahirov, T.H. / Inoue, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K.
履歴
登録2002年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
B: CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
C: 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP* CP*AP*AP*TP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*CP* AP*AP*CP*AP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5594
ポリマ－28,5594
非ポリマー00
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.596, 113.037, 74.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2047-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA / C/EBP BETA / NUCLEAR FACTOR NF-IL6 / TRANSCRIPTION FACTOR 5


分子量: 9381.868 Da / 分子数: 2 / 断片: BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP* CP*AP*AP*TP*CP*A)-3'


分子量: 4904.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*CP* AP*AP*CP*AP*CP*A)-3'


分子量: 4891.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.08 M MAGNESIUM ACETATE, 15.0% V/V PEG 400, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML WITH ADDITION OF 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2 ...詳細: 0.08 M MAGNESIUM ACETATE, 15.0% V/V PEG 400, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML WITH ADDITION OF 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2 FOR CRYOPROTECTION THE CONCENTRATION OF PEG 400 WAS ADJUSTED TO 36% V/V

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→30 Å / Num. obs: 25871 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.088 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 24.364
反射 シェル解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 4.55 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GTW

1gtw


解像度: 2.1→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 734912.08 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1228 4.9 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 25194 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.8637 Å2 / ksol: 0.335149 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.88 Å20 Å20 Å2
2---3.32 Å20 Å2
3----1.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 650 0 224 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 214 5.3 %
Rwork0.27 3848 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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