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- PDB-1gtt: CRYSTAL STRUCTURE OF HPCE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gtt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HPCE
要素4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
キーワードISOMERASE / LYASE / BIFUNCTIONAL ENZYME / MULTIFUNCTIONAL ENZYME DECARBOXYLASE / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase / 5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase activity / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase / 4-hydroxyphenylacetate catabolic process / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylacetate degradation bifunctional isomerase/decarboxylase, N-terminal subunit / 4-hydroxyphenylacetate degradation bifunctional isomerase/decarboxylase, C-terminal subunit / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homoprotocatechuate catabolism bifunctional isomerase/decarboxylase / 4-hydroxyphenylacetate degradation bifunctional isomerase/decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Namba, K. / Dodson, E.J. / Roper, D.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Hpce, a Bifunctional Decarboxylase/Isomerase with a Multifunctional Fold.
著者: Tame, J.R.H. / Namba, K. / Dodson, E.J. / Roper, D.I.
履歴
登録2002年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,7778
ポリマ－188,6174
非ポリマー1604
水21,9241217
1
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1942
ポリマ－47,1541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.084, 138.201, 103.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
4-HYDROXYPHENYLACETATE DEGRADATION BIFUNCTIONAL ISOMERASE/DECARBOXYLASE


分子量: 47154.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q46978, UniProt: P37352*PLUS, 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化pH: 8
詳細: MONOMETHYLETHER PEG2000, CALCIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 196319 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.06精密化
MARデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.134 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 9927 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 186453 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13007 0 4 1217 14228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02213198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0021.96517965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.595152072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0751585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2720.213597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.27426
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3420.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2441.58376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06213538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00834821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7214.54427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.329 707
Rwork0.296 13120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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