PDB-1gsm: A reassessment of the MAdCAM-1 structure and its role in integrin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gsm

タイトル

A reassessment of the MAdCAM-1 structure and its role in integrin recognition.

要素

MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1

キーワード

CELL ADHESION PROTEIN (細胞接着分子) /

MADCAM-1 / IMMUNOGLOBULIN FOLD / I-SET FOLD / CELL ADHESION GLYCOPROTEIN / INTEGRIN RECOGINITION /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dando, J. / Wilkinson, K.W. / Ortlepp, S. / King, D.J. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: A Reassessment of the Madcam-1 Structure and its Role in Integrin Recognition
著者: Dando, J. / Wilkinson, K.W. / Ortlepp, S. / King, D.J. / Brady, R.L.

履歴

登録	2002年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Advisory / Data collection カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gsm.cif.gz	58.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gsm.ent.gz	41.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bqsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hft-d 2not-d 1tfh-1 4hd9-d 3he4-5 2i5v-d 1a21-1 6rji-d 6j5q-d 2ol6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.000, 99.200, 70.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 / MADCAM-1 分子量: 22294.299 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION WITH TWO IG-LIKE DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: HEMATOPOIETIC AND ENDOTHELIAL CELLS / 細胞株 (発現宿主): NSO CELLS / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q13477
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1) IS IMPORTANT IN LYMPHOCYTE HOMING TO MUCOSAL ...MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1) IS IMPORTANT IN LYMPHOCYTE HOMING TO MUCOSAL TISSUES. HUMAN MADCAM-1 CONTAINS TWO IG-LIKE DOMAINS, A MUCIN-LIKE REGION, A TRANSMEMBRANE DOMAIN AND A CYTOPLASMIC DOMAIN. IT HAS A UNIQUE DUAL FUNCTION AMONG ADHESION MOLECULES. IT BINDS THE INTEGRIN ALPHA4BETA7IG-LIKE DOMAINS, AND WHEN APPROPRIATE, O-GLYCOSYLATED MOLECULES BIND THROUGH ITS MUCIN-LIKE REGION.
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS DESIGNED WITH A C-TERMINAL XA CLEAVAGE SITE THE C-TERMINAL FOUR RESIDUES ARE PART ...THE CONSTRUCT WAS DESIGNED WITH A C-TERMINAL XA CLEAVAGE SITE THE C-TERMINAL FOUR RESIDUES ARE PART OF THIS CONSTRUCT

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %

結晶化

pH: 8
詳細: PROTEIN SOLUTION:10 MG/ML. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 16% PEG 4000, 0.5M LI2SO4, PH 7.75.

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris	1	drop	pH8.0
3	16 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
4	0.5 M		1	reservoir		Li2SO4
5	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH7.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 102574 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 43.3
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs*: 99 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.5 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs*: 4.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BQS

1bqs

解像度: 1.9→29.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.747 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOMS WHICH WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS HAVE BEEN GIVEN ZERO OCCUPANCY IN THIS PDB FILE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	901	5.1 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.218	16764	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1531	0	0	184	1715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.858	1.982	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.3	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.307	0.5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.063	1.5	970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.935	2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.885	3	482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.763	4.5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3	54
R_work	0.224	1185

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor obs: 0.223 / R_factor R_free: 0.259 / R_factor R_work: 0.2166

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.032
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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