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- PDB-3he4: Heterospecific coiled-coil pair SYNZIP5:SYNZIP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3he4
タイトルHeterospecific coiled-coil pair SYNZIP5:SYNZIP6
要素
  • SYNZIP5
  • SYNZIP6
キーワードDE NOVO PROTEIN / heterodimeric coiled-coil
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Reinke, A.W. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A synthetic coiled-coil interactome provides heterospecific modules for molecular engineering.
著者: Reinke, A.W. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNZIP6
B: SYNZIP5
C: SYNZIP6
D: SYNZIP5
E: SYNZIP6
F: SYNZIP5
G: SYNZIP6
H: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2018
ポリマ－47,2018
非ポリマー00
水99155
1
A: SYNZIP6
B: SYNZIP5
G: SYNZIP6
H: SYNZIP5

A: SYNZIP6
B: SYNZIP5
G: SYNZIP6
H: SYNZIP5

A: SYNZIP6
B: SYNZIP5
G: SYNZIP6
H: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,80212
ポリマ－70,80212
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area22770 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area33360 Å2
手法PISA
2
A: SYNZIP6
B: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8002
ポリマ－11,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7140 Å2
手法PISA
3
C: SYNZIP6
D: SYNZIP5
E: SYNZIP6
F: SYNZIP5

C: SYNZIP6
D: SYNZIP5
E: SYNZIP6
F: SYNZIP5

C: SYNZIP6
D: SYNZIP5
E: SYNZIP6
F: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,80212
ポリマ－70,80212
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area22580 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
4
C: SYNZIP6
D: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8002
ポリマ－11,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
5
E: SYNZIP6
F: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8002
ポリマ－11,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
6
G: SYNZIP6
H: SYNZIP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8002
ポリマ－11,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.678, 82.678, 150.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUchain A and (resseq 15:48 )AA15 - 4817 - 50
21LYSLYSLEULEUchain C and (resseq 15:48 )CC15 - 4817 - 50
31LYSLYSLEULEUchain E and (resseq 15:48 )EE15 - 4817 - 50
41LYSLYSLEULEUchain G and (resseq 15:48 )GG15 - 4817 - 50
12THRTHRALAALAchain B and (resseq 2:40 )BB2 - 404 - 42
22THRTHRALAALAchain D and (resseq 2:40 )DD2 - 404 - 42
32THRTHRALAALAchain F and (resseq 2:40 )FF2 - 404 - 42
42THRTHRALAALAchain H and (resseq 2:40 )HH2 - 404 - 42

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
SYNZIP6


分子量: 6359.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098
#2: タンパク質・ペプチド
SYNZIP5


分子量: 5441.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 100 mM TRIS, 20% MPD, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月24日
放射モノクロメーター: crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.324
反射解像度: 2.46→41.09 Å / Num. obs: 21204 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 26.346
反射 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique all: 2086 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→41.09 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.697 / σ(F): 0.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1952 9.44 %
Rwork0.212 --
obs0.216 20684 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.212 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.64 Å2 / Biso mean: 60.986 Å2 / Biso min: 26.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.177 Å20 Å2-0 Å2
2--0.177 Å2-0 Å2
3----0.354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 0 55 2987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6813944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8421156
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
12C268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
13E268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
14G268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
21B326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
22D326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
23F326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
24H326X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.46-2.5440.3331770.29917331910
2.544-2.6460.3891810.29818071988
2.646-2.7660.3391870.30218422029
2.766-2.9120.281850.27418572042
2.912-3.0940.3151920.28218962088
3.094-3.3330.341950.25719162111
3.333-3.6680.2512040.21119222126
3.668-4.1990.1991980.17319162114
4.199-5.2880.2342040.17919202124
5.288-41.10.2281930.17719592152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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