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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gsi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH THYMIDINE MONOPHOSPHATE (TMP) | ||||||
![]() | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSFERASE (ATP:TMP PHOSPHOTRANSFERASE) / KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity ...TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ursby, T. / Weik, M. / Fioravanti, E. / Delarue, M. / Goeldner, M. / Bourgeois, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryophotolysis of Caged Compounds: A Technique for Trapping Intermediate States in Protein Crystals 著者: Ursby, T. / Weik, M. / Fioravanti, E. / Delarue, M. / Goeldner, M. / Bourgeois, D. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Tmp Kinase from Mycobacterium Tuberculosis Complexed with Tmp at 1.95 A Resolution 著者: De La Sierra Li, I. / Munier-Lehmann, H. / Gilles, A.M. / Barzu, O. / Delarue, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Thymidylate Kinase from Mycobacterium Tuberculosis 著者: De La Sierra Li, I. / Munier-Lehmann, H. / Gilles, A.M. / Barzu, O. / Delarue, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 816 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 818.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22662.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET22B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 272分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TMP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TMP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TMP / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: STARTING MODEL PDB ENTRY 1G3U | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED IN 1.4M AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6, 2% PEG 2000, 25MM MAGNESIUM ACETATE 2MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Li de La Sierra, I., (2000) Acta Crystallogr.,Sect., D56, 226. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月18日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.75 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25.2 Å / Num. obs: 30736 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 252502 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.282 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.6→25.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.3241 Å2 / ksol: 0.362529 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.231 |