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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gsd | ||||||
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タイトル | GLUTATHIONE TRANSFERASE A1-1 IN UNLIGANDED FORM | ||||||
要素 | GLUTATHIONE TRANSFERASE A1-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (GLUTATHIONE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / steroid delta-isomerase activity / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process ...異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / steroid delta-isomerase activity / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / fatty acid binding / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | L'Hermite, G. / Sinning, I. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structural analysis of human alpha-class glutathione transferase A1-1 in the apo-form and in complexes with ethacrynic acid and its glutathione conjugate. 著者: Cameron, A.D. / Sinning, I. / L'Hermite, G. / Olin, B. / Board, P.G. / Mannervik, B. / Jones, T.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure Determination and Refinement of Human Alpha Class Glutathione Transferase A1-1, and a Comparison with the Mu and Pi Class Enzyme 著者: Sinning, I. / Kleywegt, G.J. / Cowan, S.W. / Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Huber, R. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N. / Ji, X. / Board, P.G. / Olin, B. / Mannervik, B. / Jones, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gsd.cif.gz | 176 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gsd.ent.gz | 142.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gsd_validation.pdf.gz | 444.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gsd_full_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gsd_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gsd_validation.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/1gsd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 56 / 2: CIS PROLINE - PRO B 56 | ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 2 .. A 438 TRANSFORMS A CHAIN OF DIMER TO A CHAIN OF SECOND DIMER OF THE ASYMMETRIC UNIT M2 B 2 .. B 438 TRANSFORMS B CHAIN OF DIMER TO B CHAIN OF SECOND DIMER OF THE ASYMMETRIC UNIT M3 A 2 .. A 438 B 2 .. B 438 0.001 TRANSFORMS A CHAIN OF DIMER TO B CHAIN OF DIMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25538.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PTACGST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM103 / 参照: UniProt: P08263, glutathione transferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.92 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1993年9月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 31802 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 72511 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→7.5 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUE ARG 89 HAS BEEN MODELLED IN TWO CONFORMATIONS AS FOR THE HIGHER RESOLUTION GST A 1-1 STRUCTURE COMPLEXED WITH A GLUTATHIONE, ETHACRYNIC ACID CONJUGATE. THIS RESIDUE LIES AT THE DIMER ...詳細: RESIDUE ARG 89 HAS BEEN MODELLED IN TWO CONFORMATIONS AS FOR THE HIGHER RESOLUTION GST A 1-1 STRUCTURE COMPLEXED WITH A GLUTATHIONE, ETHACRYNIC ACID CONJUGATE. THIS RESIDUE LIES AT THE DIMER INTERFACE CLOSE TO AN NCS COPY OF ITSELF.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7.5 Å
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拘束条件 |
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