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- PDB-3ik7: Human glutathione transferase a4-4 with GSDHN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ik7
タイトルHuman glutathione transferase a4-4 with GSDHN
要素Glutathione S-transferase A4
キーワードTRANSFERASE / Human GST A4-4 / enzyme / Cytoplasm / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, alpha class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BOB / Glutathione S-transferase A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Atkins, W.M. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Substrate specificity combined with stereopromiscuity in glutathione transferase A4-4-dependent metabolism of 4-hydroxynonenal.
著者: Balogh, L.M. / Le Trong, I. / Kripps, K.A. / Shireman, L.M. / Stenkamp, R.E. / Zhang, W. / Mannervik, B. / Atkins, W.M.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase A4
B: Glutathione S-transferase A4
C: Glutathione S-transferase A4
D: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9119
ポリマ－102,9524
非ポリマー1,9585
水3,747208
1
A: Glutathione S-transferase A4
B: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4074
ポリマ－51,4762
非ポリマー9312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase A4
D: Glutathione S-transferase A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5035
ポリマ－51,4762
非ポリマー1,0273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.023, 153.041, 60.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase A4 / Glutathione S-transferase A4-4 / GST class-alpha member 4


分子量: 25738.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15217, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-BOB / (S)-2-amino-5-((R)-1-(carboxymethylamino)-3-((3S,4R)-1,4-dihydroxynonan-3-ylthio)-1-oxopropan-2-ylamino)-5-oxopentanoic acid / L-gamma-glutamyl-S-[(1S,2R)-2-hydroxy-1-(2-hydroxyethyl)heptyl]-L-cysteinylglycine


分子量: 465.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N3O8S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 24% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, and 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 79642 / Num. obs: 79642 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 11.762
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Num. unique all: 6089 / Χ2: 0.968 / % possible all: 74.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0047精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GUL

1gul


解像度: 1.97→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU B: 4.908 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3632 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 73170 --
obs0.209 73170 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.42 Å2 / Biso mean: 39.327 Å2 / Biso min: 19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å2-2.4 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→76.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7178 0 129 208 7515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3352.00110074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88312844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2565874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94424.344343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.182151377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9971543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.17844395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.66341743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.34467153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.95763068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.03102921
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 245 -
Rwork0.304 4767 -
all-5012 -
obs--92.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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