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万見
- PDB-1gn9: Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 2777... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gn9
タイトルHybrid Cluster Protein from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 X-ray structure at 2.6A resolution using synchrotron radiation at a wavelength of 1.722A
要素HYBRID CLUSTER PROTEIN
キーワードHYBRID CLUSTER / HYBRID CLUSTER PROTEIN / ANAEROBIC DESULFOVIBRIO DESULFURICANS / IRON ANOMALOUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / IRON ANOMALOUS, 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. ...Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2002
タイトル: Hybrid Cluster Proteins (Hcps) from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 and Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough): X-Ray Structures at 1.25 A Resolution Using Synchrotron Radiation.
著者: Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Romao, C.V. / Cooper, S.J. / Coelho, R. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Bailey, S. / Garner, D.C. / Hagen, W.R. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A. / Lindley, P.
履歴
登録2001年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02019年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年12月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYBRID CLUSTER PROTEIN
B: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6946
ポリマ－117,2562
非ポリマー1,4384
水3,603200
1
A: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3473
ポリマ－58,6281
非ポリマー7192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYBRID CLUSTER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3473
ポリマ－58,6281
非ポリマー7192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.400, 61.800, 72.200
Angle α, β, γ (deg.)82.70, 73.70, 87.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HYBRID CLUSTER PROTEIN / HCP


分子量: 58627.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: CUBANE CLUSTER [4FE-4S] HYBRID CLUSTER [4FE-3S-3O] PERSULPHIDE BOND BETWEEN S7 (HYBRID CLUSTER) AND S OF CYS399
由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
参照: UniProt: Q01770
#2: 化合物 ChemComp-FSO / IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER


分子量: 367.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S3
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M MES PH6.0, T=293K, pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %PEG40001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.0
312.6 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.6
50.2 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.722
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日 / 詳細: COLLIMATING AND FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI (111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 27761 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 114637 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: IRON ANOMALOUS, 分子置換
開始モデル: PDB FROM ENTRY 1E2U, EXCLUDING ALL CLUSTER ATOMS AND SOLVENT MOLECULES

1e2u


解像度: 2.6→25.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE THAT ACCOMPANIES THIS ENTRY INCLUDES ANOMALOUS PAIRS BUT THE ANOMALOUS DATA WERE NOT USED IN THE REFINEMENT OF THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 732 2.6 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 27982 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.0504 Å2 / ksol: 0.338115 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.12 Å2-2.94 Å2
2---0.38 Å20.4 Å2
3----0.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 31 200 8404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.38
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 129 2.8 %
Rwork0.225 4427 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMALL_R6.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ALL_R6.PARCSS.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PAR
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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