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万見
- PDB-4wnt: Human Cytochrome P450 2D6 Ajmalicine Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wnt
タイトルHuman Cytochrome P450 2D6 Ajmalicine Complex
要素Cytochrome P450 2D6
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / CYP2D6 / P450 2D6 / Cytochrome P450 / MONOOXYGENASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of binding / negative regulation of organofluorine metabolic process / Miscellaneous substrates / isoquinoline alkaloid metabolic process / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity ...negative regulation of binding / negative regulation of organofluorine metabolic process / Miscellaneous substrates / isoquinoline alkaloid metabolic process / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / alkaloid metabolic process / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2D-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2D-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ajmalicine / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2D6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, A. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM031001 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Contributions of Ionic Interactions and Protein Dynamics to Cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) Substrate and Inhibitor Binding.
著者: Wang, A. / Stout, C.D. / Zhang, Q. / Johnson, E.F.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2D6
B: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5959
ポリマ－107,4612
非ポリマー2,1347
水1,22568
1
A: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8305
ポリマ－53,7311
非ポリマー1,1004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7654
ポリマ－53,7311
非ポリマー1,0343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.310, 126.810, 191.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

ZN

詳細monomeric

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2D6 / CYPIID6 / Cytochrome P450-DB1 / Debrisoquine 4-hydroxylase


分子量: 53730.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 34-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2D6, CYP2DL1 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P10635, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-AJN / Ajmalicine / methyl (19alpha)-19-methyl-16,17-didehydro-18-oxayohimban-16-carboxylate / アジュマリシン


分子量: 352.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N2O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG3350, SODIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM CHLORIDE, ZINC CHLORIDE, GLYCEROL, BETA-MERCAPTOETHANOL, THIORIDAZINE, HEGA-10, FACIAL AMPHIPHILE 231_CHOL. Ajmalicine ...詳細: PEG3350, SODIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM CHLORIDE, ZINC CHLORIDE, GLYCEROL, BETA-MERCAPTOETHANOL, THIORIDAZINE, HEGA-10, FACIAL AMPHIPHILE 231_CHOL. Ajmalicine was added to the mother liquor after crystallization of the P450 2D6 thiordidazine complex.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.097173 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月25日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.012 Å / Num. all: 42976 / Num. obs: 42976 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 8 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 138204
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.743.20.4911.61947360860.3130.4912.696.6
2.74-2.913.20.3352.31842157770.2140.3353.697.2
2.91-3.113.20.2273.31762954740.1450.2275.197.4
3.11-3.363.20.1395.21676851640.090.1397.698.3
3.36-3.683.30.0848.51582648180.0540.08411.499.3
3.68-4.113.40.05312.51480143900.0340.05316.399.2
4.11-4.753.20.04810.81254938850.0310.04819.899.2
4.75-5.8130.0549.9963832230.0350.05419.496.9
5.81-8.223.20.02919.8860826550.0180.02921.3100
8.22-45.86530.02417.4449115040.0160.02426.597.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.9精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TDA

3tda


解像度: 2.6→42.667 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 2137 4.98 %Random selection
Rwork0.1915 40760 --
obs0.1938 42897 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155 Å2 / Biso mean: 59.9193 Å2 / Biso min: 22.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→42.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7217 0 141 68 7426
Biso mean--49.39 45.03 -
残基数----912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13510327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1942818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.66060.25811420.24392586X-RAY DIFFRACTION96
2.6606-2.72710.32281340.25632679X-RAY DIFFRACTION97
2.7271-2.80080.32821460.25922601X-RAY DIFFRACTION97
2.8008-2.88320.29261480.23192674X-RAY DIFFRACTION97
2.8832-2.97630.28871400.23182630X-RAY DIFFRACTION97
2.9763-3.08260.28641470.23152684X-RAY DIFFRACTION97
3.0826-3.2060.26161330.22222688X-RAY DIFFRACTION97
3.206-3.35190.28621480.20642712X-RAY DIFFRACTION98
3.3519-3.52850.24081520.19412723X-RAY DIFFRACTION99
3.5285-3.74950.23711480.20092742X-RAY DIFFRACTION99
3.7495-4.03880.22471270.18022774X-RAY DIFFRACTION99
4.0388-4.44480.18481380.16452781X-RAY DIFFRACTION99
4.4448-5.08710.21511420.15992741X-RAY DIFFRACTION98
5.0871-6.40570.23061450.19432793X-RAY DIFFRACTION97
6.4057-42.6670.18821470.15472952X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31650.3016-0.28691.3816-0.67382.9958-0.05850.01850.14480.1765-0.1097-0.0825-0.17380.25520.11760.26030.0051-0.01590.29770.02870.32237.783427.2494-71.9647
21.80250.2164-0.42931.16510.05883.222-0.18060.11510.0397-0.18220.04-0.0161-0.0002-0.14040.10120.32450.00050.00510.1823-0.01770.314-4.196729.0975-24.065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 31 through 497)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 31 through 497)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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