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- PDB-1gmu: Structure of UreE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmu
タイトルStructure of UreE
要素UREE
キーワードMETALLOCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain ...UreE urease accessory, N-terminal / Urease accessory protein UreE, C-terminal domain / Urease accessory protein UreE / UreE urease accessory, N-terminal domain superfamily / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / UreE urease accessory protein, N-terminal domain / UreE, C-terminal domain / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Alpha-Beta Plaits / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease accessory protein UreE
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA AEROGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Song, H.K. / Mulrooney, S.B. / Huber, R. / Hausinger, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Klebsiella Aerogenes Uree, a Nickel-Binding Metallochaperone for Urease Activation.
著者: Song, H.K. / Mulrooney, S.B. / Huber, R. / Hausinger, R.
履歴
登録2001年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREE
B: UREE
C: UREE
D: UREE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9484
ポリマ－62,9484
非ポリマー00
水17,330962
1
A: UREE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7371
ポリマ－15,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: UREE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7371
ポリマ－15,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: UREE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7371
ポリマ－15,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: UREE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7371
ポリマ－15,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.882, 129.360, 56.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99623, 0.00464, -0.08663), (0.00059, -0.99819, -0.06018), (-0.08676, -0.06001, 0.99442)24.18361, 72.34355, 3.42209
2given(0.86046, 0.42849, 0.27569), (0.45499, -0.88971, -0.03727), (0.22931, 0.15751, -0.96052)-6.10036, 29.33323, 27.63065
3given(-0.83951, -0.5132, -0.51866), (0.85478, -0.0184, -0.17834), (0.16188, 0.07705, -0.9838)26.42195, 44.57207, 30.7321

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要素

#1: タンパク質
UREE


分子量: 15736.998 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-143 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) KLEBSIELLA AEROGENES (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P18317
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.0500, 0.9500, 0.9815, 0.9805
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.051
20.951
30.98151
40.98051
反射解像度: 1.5→17 Å / Num. obs: 97562 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.026

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 9152 10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 91545 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4281 0 0 962 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004631
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30162
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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