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万見
- PDB-1gmk: GRAMICIDIN/KSCN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmk
タイトルGRAMICIDIN/KSCN COMPLEX
要素GRAMICIDIN A
キーワードANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN / DOUBLE HELIX
機能・相同性GRAMICIDIN A / : / METHANOL / THIOCYANATE ION / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Doyle, D.A. / Wallace, B.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of the Gramicidin/Potassium Thiocyanate Complex.
著者: Doyle, D.A. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1994
タイトル: The Structure of the Gramicidin/Kscn Complex
著者: Doyle, D.A. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Ann.N.Y.Acad.Sci. / 年: 1984
タイトル: Crystalline Ion Complexes of Gramicidin A
著者: Kimball, M.R. / Wallace, B.A.
履歴
登録1996年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A
C: GRAMICIDIN A
D: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,71937
ポリマ－7,5294
非ポリマー1,19033
水00
1
C: GRAMICIDIN A
D: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,34919
ポリマ－3,7652
非ポリマー58517
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-25.2 kcal/mol
Surface area4010 Å2
手法PISA
2
A: GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,36918
ポリマ－3,7652
非ポリマー60516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-26.3 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.060, 51.800, 31.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GRAMICIDIN A / VALYL GRAMICIDIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16).
由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物...
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: DATA COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE WITH CRYSTAL IN METHANOL.
結晶化詳細: CRYSTALLIZED IN METHANOL
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein11
373.3 mMpotassium thiocyanate11
2methanol11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1991年10月11日
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 5476 / % possible obs: 73.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.0325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CADRALデータ削減
SHELX76データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GRAMICIDIN/CSCL COMPLEX, THEN GRAMICIDIN/CSSCN COMPLEX, BOTH WITHOUT IONS

解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 3
詳細: THE LOW TEMPERATURE FACTORS OF ATOMS N OF SCN 1, 2, 3, AND 4 ARE PROBABLY DUE TO POSITIONAL DISORDER OF THE THIOCYANATE MOLECULE WITH THE RESULT THAT OCCASIONALLY THE HEAVY SULFUR ATOM IS ...詳細: THE LOW TEMPERATURE FACTORS OF ATOMS N OF SCN 1, 2, 3, AND 4 ARE PROBABLY DUE TO POSITIONAL DISORDER OF THE THIOCYANATE MOLECULE WITH THE RESULT THAT OCCASIONALLY THE HEAVY SULFUR ATOM IS SITUATED CLOSE TO THE PRESENT LOCATION OF THE NITROGEN. TWO METHANOL MOLECULES, MOH 5 AND MOH 19, WERE PLACED IN DENSITIES THAT ARE BELIEVED TO BELONG TO COMBINED DISORDERED CONFORMATIONS OF TRP A 15 AND TRP C 9 (MOH 19), AND TRP D 15 AND TRP A 9 (MOH 5).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.192 --
obs0.192 2241 83.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数517 0 66 0 583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.14
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.147
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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