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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gmd | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of gamma-chymotrypsin in hexane | ||||||
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![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Banerjee, S. / Farber, G.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of gamma-chymotrypsin in hexane. 著者: Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Farber, G.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA BARRELS. THIS IS REPRESENTED BY SEVEN-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-GAMMA-CHYMOTRYPSIN ... , 3種, 3分子 EFG
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 521.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 137分子 ![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEX / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | RESIDUES 500 - 505 ARE A PENTAPEPTIDE IN THE ACTIVE SITE AS A TETRAHEDRAL INTERMEDIATE. C OF ...RESIDUES 500 - 505 ARE A PENTAPEPTI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: batch method詳細: referred to 'Stoddard, B. L.', (1990) Biochemistry, 29, 4871-4879 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 7606 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 13982 / Rmerge(I) obs: 0.092 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.176 / Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 5 Å / Rfactor obs: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.82 |