+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gk8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | LYASE / RUBISCO / PHOTOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, T.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: First Crystal Structure of Rubisco from a Green Alga, Chlamydomonas Reinhardtii. 著者: Taylor, T.C. / Backlund, A. / Bjorhall, K. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 526.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 430.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 114.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 167.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rucS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGIKMO
#1: タンパク質 | 分子量: 52696.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00877, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 16283.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00873, ribulose-bisphosphate carboxylase |
---|
-糖 , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/CAP.gif)
#4: 糖 | ChemComp-CAP / |
---|
-非ポリマー , 3種, 2593分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 46 IN THE LARGE SUBUNITS (CHAIN A C E G) WAS FOUND TO BE PRO AFTER INSPECTION OF THE ...RESIDUE 46 IN THE LARGE SUBUNITS (CHAIN A C E G) WAS FOUND TO BE PRO AFTER INSPECTION |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4000, 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG/ML PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2000年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 469880 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 30387 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 469880 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 94 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 8RUC 解像度: 1.4→20 Å / SU B: 9.7 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.05 詳細: CONTRIBUTION FOR RIDING HYDROGENS ADDED DURING LAST CYCLE. THE SMALL SUBUNIT C TERMINUS IS DISORDERED BEYOND RESIDUE 126. THE LARGE SUBUNIT N-TERMINI ARE DISORDERED.
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 13.1 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|