[日本語] English
万見
- PDB-1gk7: HUMAN VIMENTIN COIL 1A FRAGMENT (1A) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gk7
タイトルHUMAN VIMENTIN COIL 1A FRAGMENT (1A)
要素VIMENTIN
キーワードVIMENTIN / INTERMEDIATE FILAMENT / HEPTAD REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / microtubule organizing center / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / intermediate filament / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / cellular response to type II interferon / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / double-stranded RNA binding / neuron projection development / negative regulation of neuron projection development / peroxisome / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Strelkov, S.V. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Zimbelmann, R. / Aebi, U. / Burkhard, P.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Conserved Segments 1A and 2B of the Intermediate Filament Dimer: Their Atomic Structures and Role in Filament Assembly.
著者: Strelkov, S. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Wedig, T. / Zimbelmann, R. / Aebi, U. / Burkhard, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Divide-and-Conquer Crystallographic Approach Towards an Atomic Structure of Intermediate Filaments
著者: Strelkov, S.V. / Herrmann, H. / Geisler, N. / Lustig, A. / Ivaninskii, S. / Zimbelmann, R. / Burkhard, P. / Aebi, U.
履歴
登録2001年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VIMENTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7502
ポリマ－4,6541
非ポリマー961
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.770, 56.770, 58.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2026-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド VIMENTIN


分子量: 4654.214 Da / 分子数: 1 / 断片: 1A, RESIDUES 102-138 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TWO EXTRA RESIDUES, GS, AT THE N-TERMINUS ARE RESULT OF THE CLONING PROCEDURE
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08670
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING USED IN THE LITERATURE FOR VIMENTIN DIFFERS BY +1 FROM THE NUMBERING USED IN ...THE RESIDUE NUMBERING USED IN THE LITERATURE FOR VIMENTIN DIFFERS BY +1 FROM THE NUMBERING USED IN SWISSPROT ENTRY P08670 THE FRAGMENT CONTAINS RESIDUES 102 TO 138 AND TWO EXOGENOUS RESIDUES, GS, AT THE N-TERMINUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: THE SEARCH MODEL WAS A SINGLE CHAIN
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.0M AMMONIUM ACETATE, 10%(V/V) DIOXANE, 0.1M MES/NA, PH6.5, pH 6.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 11440 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZTA

2zta


解像度: 1.4→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.967 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 461 4 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 10979 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数328 0 5 35 368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0341.996456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg0.8563725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.0264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3440.3107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.3305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2860.519
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.5501
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4230.336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4190.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2541.5195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3232312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1283146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8674.5144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 44
Rwork0.199 769

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る