+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gi0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE | ||||||
要素 | BETA-TRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / three-centered / very short hydrogen bond / oxyanion hole water / shift of pKa of His57 / structure-based drug design / specificity / urokinase / trypsin / thrombin / Zn+2-mediated inhibition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hatayte, J. / Janc, J. / Link, J. ...Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hatayte, J. / Janc, J. / Link, J. / Litvak, J. / Rai, R. / Rice, K. / Sideris, S. / Verner, E. / Young, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: A novel serine protease inhibition motif involving a multi-centered short hydrogen bonding network at the active site. 著者: Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M.J. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hataye, J. / Janc, J. / Link, J. / Litvak, J. / Rai, R. / Rice, K. / Sideris, S. / Verner, E. / Young, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gi0.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gi0.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gi0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gi0_validation.pdf.gz | 682.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1gi0_full_validation.pdf.gz | 685.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gi0_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gi0_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/1gi0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
---|
-非ポリマー , 5種, 269分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-BMZ / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1 詳細: magnesium sulfate soak at pH 3.50. vapor diffusion at 298 K', pH 8.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.2 / PH range high: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→27.43 Å / Num. all: 45969 / Num. obs: 28657 / % possible obs: 62.2 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique all: 1696 / % possible all: 37.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 69879 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.42→7 Å / σ(F): 1.85 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field 詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Thr26, Val31, Ser49, Gln50, Val53, Leu67, Met104, Ser110, Ser116, Lys224, Ser236. Note that HOH383 makes short H-bonds to ...詳細: Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Thr26, Val31, Ser49, Gln50, Val53, Leu67, Met104, Ser110, Ser116, Lys224, Ser236. Note that HOH383 makes short H-bonds to OgSer195 and O6' of the inhibitor Disordered waters are: HOH292 which is close to HOH293; HOH344 which is close to HOH345; HOH357 which is close to HOH358; HOH410 which is close to HOH411; HOH493 which is close to a symmetry-related equivalent of HOH494; HOH911 which is close to HOH912; HOH1010 which is close to HOH1011; HOH1012 which is close to a symmetry-related equivalent of itself; HIS91 is MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN. His40 and His57 are doubly protonatd.
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→7 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 7 Å / σ(F): 1.85 / Rfactor all: 0.181 / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.42 Å / 最低解像度: 1.48 Å / Rfactor Rfree: 0.219 / Rfactor obs: 0.183 |