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- PDB-1ghe: CRYSTAL STRUCTURE OF TABTOXIN RESISTANCE PROTEIN COMPLEXED WITH A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ghe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TABTOXIN RESISTANCE PROTEIN COMPLEXED WITH AN ACYL COENZYME A
要素ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / Acyl Coenzyme A complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tabaci (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者He, H. / Ding, Y. / Bartlam, M. / Sun, F. / Le, Y. / Qin, X. / Tang, H. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Liu, Y. ...He, H. / Ding, Y. / Bartlam, M. / Sun, F. / Le, Y. / Qin, X. / Tang, H. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Liu, Y. / Zhao, N. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Tabtoxin Resistance Protein Complexed with Acetyl Coenzyme A Reveals the Mechanism for beta-Lactam Acetylation
著者: He, H. / Ding, Y. / Bartlam, M. / Sun, F. / Le, Y. / Qin, X. / Tang, H. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Liu, Y. / Zhao, N. / Rao, Z.
履歴
登録2000年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLTRANSFERASE
B: ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6044
ポリマ－38,9852
非ポリマー1,6192
水2,918162
1
A: ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3022
ポリマ－19,4921
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3022
ポリマ－19,4921
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.76, 45.70, 84.24
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLTRANSFERASE / TABTOXIN RESISTANCE PROTEIN


分子量: 19492.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tabaci (バクテリア)
生物種: Pseudomonas amygdali / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16966, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: hanging drop/vapor diffusion / pH: 8
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCL, pH 8.0, HANGING DROP/VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris-HCl1droppH8.0
2150 mM1dropNaCl
35 mMdithiothreitol1drop
41 mMPMSF1drop
50.2 mMsodium-EDTA1drop
620-25 mg/mlprotein1drop
7100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
836 %(w/v)PEG40001reservoir
90.21 M1reservoirNaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9639
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9639 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. all: 105976 / Num. obs: 93060 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique all: 4747 / % possible all: 65
反射
*PLUS
最高解像度: 1.49 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 56060 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 307917 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO2000データ削減
SCALEPACK2000データスケーリング
O7モデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.55→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 9026 -
Rwork0.209 --
all-73804 -
obs-70416 87.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 0 102 162 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.44
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.198
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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