PDB-1gh8: SOLUTION STRUCTURE OF THE ARCHAEAL TRANSLATION ELONGATION FACTOR ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gh8

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE ARCHAEAL TRANSLATION ELONGATION FACTOR 1BETA FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM

要素

TRANSLATION ELONGATION FACTOR 1BETA

キーワード

GENE REGULATION / ALPHA-BETA SANDWICH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kozlov, G. / Ekiel, I. / Gehring, K. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Rapid fold and structure determination of the archaeal translation elongation factor 1beta from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Kozlov, G. / Ekiel, I. / Beglova, N. / Yee, A. / Dharamsi, A. / Engel, A. / Siddiqui, N. / Nong, A. / Gehring, K.

履歴

登録	2000年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2000年12月13日	ID: 1D5K
改定 1.0	2000年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gh8.cif.gz	770.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gh8.ent.gz	647.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gh8_validation.pdf.gz	342 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gh8_full_validation.pdf.gz	575.2 KB	表示
XML形式データ	1gh8_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	1gh8_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1gh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/1gh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6j0d-d 1rlf-d 1exg-d 3s8w-3 2pbc-3 2e3v-2 4x3x-d 4zka-5 6h5k-d 3rp1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT12

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSLATION ELONGATION FACTOR 1BETA

9.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	TRANSLATION ELONGATION FACTOR 1BETA 分子量: 9539.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27734

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	2	2	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	3	3	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FOR THE PROTEIN WITH N-TERMINAL HIS-TAG ATTACHED TO IT. THE HIS-TAG SEQUENCE IS MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	2.0-3.0 MM N15-LABELED PROTEIN
2	2.0-3.0 MM N15,C13-LABELED PROTEIN
3	2.0-3.0 MM UNLABELED PROTEIN

試料状態

イオン強度: 0.15 M NACL / pH: 6.3 / 圧: AMBIENT / 温度: 305 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	BRUKER	collection
Gifa	4	DELSUC	解析
XEASY	1.3.13	WUTHRICH	データ解析
CNS	0.5	BRUNGER	構造決定
ARIA	0.1	NILGES	構造決定
ARIA	0.1	NILGES	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 1962 RESTRAINTS, 1854 ARE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 82 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, 26 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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