+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ggy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN FACTOR XIII WITH YTTERBIUM BOUND IN THE ION SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (COAGULATION FACTOR XIII) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSGLUTAMINASE / BLOOD COAGULATION / YTTERBIUM | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fox, B.A. / Yee, V.C. / Pederson, L.C. / Trong, I.L. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of the calcium binding site and a novel ytterbium site in blood coagulation factor XIII by x-ray crystallography. 著者: Fox, B.A. / Yee, V.C. / Pedersen, L.C. / Le Trong, I. / Bishop, P.D. / Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 236 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 423.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.97149, -0.20231, -0.12363), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83233.922 Da / 分子数: 2 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: YTTERBIUM SOAKED INTO CRYSTAL / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-YB / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 49005 / % possible obs: 75.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / % possible all: 45 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 42 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FIE 解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 36.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.353 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.274 |